+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kdj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | OXIDIZED FORM OF PLASTOCYANIN FROM DRYOPTERIS CRASSIRHIZOMA | ||||||
![]() | PLASTOCYANIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSFER / PHOTOSYSTEM / PAI-PAI STACKING | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Inoue, T. / Gotowda, M. / Hamada, K. / Kohzuma, T. / Yoshizaki, F. / Sugimura, Y. / Kai, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure and unusual pH dependence of plastocyanin from the fern Dryopteris crassirhizoma. The protonation of an active site histidine is hindered by pi-pi interactions. 著者: Kohzuma, T. / Inoue, T. / Yoshizaki, F. / Sasakawa, Y. / Onodera, K. / Nagatomo, S. / Kitagawa, T. / Uzawa, S. / Isobe, Y. / Sugimura, Y. / Gotowda, M. / Kai, Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 20.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 358.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 359.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10785.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OXIDIZED 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q7SIB8 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 10063 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / % possible all: 83.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10220 / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 69003 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: POPLAR PLASTOCYANIN 解像度: 1.7→6 Å / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 9943 / Rfactor obs: 0.241 / Rfactor Rfree: 0.288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.34 |