PDB-1kcp: 3D STRUCTURE OF K-CONOTOXIN PVIIA, A NOVEL POTASSIUM CHANNEL-BLOC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kcp

タイトル

3D STRUCTURE OF K-CONOTOXIN PVIIA, A NOVEL POTASSIUM CHANNEL-BLOCKING TOXIN FROM CONE SNAILS, NMR, 22 STRUCTURES

要素

KAPPA-CONOTOXIN PVIIA

キーワード

NEUROTOXIN / POTASSIUM CHANNEL INHIBITOR

機能・相同性

Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-conotoxin PVIIA

機能・相同性情報

生物種

Conus purpurascens (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Savarin, P. / Guenneugues, M. / Gilquin, B. / Lamthanh, H. / Gasparini, S. / Zinn-Justin, S. / Menez, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional structure of kappa-conotoxin PVIIA, a novel potassium channel-blocking toxin from cone snails.
著者: Savarin, P. / Guenneugues, M. / Gilquin, B. / Lamthanh, H. / Gasparini, S. / Zinn-Justin, S. / Menez, A.

履歴

登録	1998年1月27日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kcp.cif.gz	193.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kcp.ent.gz	160.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kcp_validation.pdf.gz	348.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kcp_full_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示
XML形式データ	1kcp_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	1kcp_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1hhc-1 2n2s-d 1j5l-d 1hh3-1 1hhc-2 1z96-2 1tr6-d 4mzz-1 1w7z-2 1w7q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: KAPPA-CONOTOXIN PVIIA

3.28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / -
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	KAPPA-CONOTOXIN PVIIA 分子量: 3280.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus purpurascens (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P56633
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: NOE DATA CAME FROM SPECTRA COLLECTED AT 15 DEGREES, PH 5.0. A TOTAL OF 434 NOE RESTRAINTS WERE COMBINED WITH 20 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FOR THE FINAL STRUCTURE REFINEMENT.

-
試料調製

試料状態	pH: 5 / 温度: 288 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
BRUKER UXNMR	UXNMR		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 22

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)