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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kca | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the lambda Repressor C-terminal Domain Octamer | ||||||
![]() | REPRESSOR PROTEIN CI | ||||||
![]() | GENE REGULATION / dna-binding / lambda repressor / protein oligomerization / dna-looping | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bell, C.E. / Lewis, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the lambda repressor C-terminal domain octamer. 著者: Bell, C.E. / Lewis, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE SEQUENCE GSHM (128-131) IS FROM THE EXPRESSION VECTOR (GS FROM THE THROMBIN SITE, AND ...SEQUENCE THE SEQUENCE GSHM (128-131) IS FROM THE EXPRESSION VECTOR (GS FROM THE THROMBIN SITE, AND HIS MET FROM THE NDEI SITE). |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1f39S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the octamer that is in the asmmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11849.380 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain (residues 132-236) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lambda-like viruses / プラスミド: pET-14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.55 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: sodium formate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→23.5 Å / Num. obs: 33013 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 53445 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1F39 解像度: 2.91→23.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 893314.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.0074 Å2 / ksol: 0.372394 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→23.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.91→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 46.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.384 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.339 |