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万見
- PDB-1kbj: Crystallographic Study of the Recombinant Flavin-binding Domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kbj
タイトルCrystallographic Study of the Recombinant Flavin-binding Domain of Baker's Yeast Flavocytochrome b2: comparison with the Intact Wild-type Enzyme
要素CYTOCHROME B2
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin-binding domain of flavocytochrome b2
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase (cytochrome) / L-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate metabolic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily ...L-mandelate/L-lactate dehydrogenase, FMN-binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cunane, L.M. / Barton, J.D. / Chen, Z.W. / Welsh, F.E. / Chapman, S.K. / Reid, G.A. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of Baker's yeast flavocytochrome b(2): comparison with the intact wild-type enzyme.
著者: Cunane, L.M. / Barton, J.D. / Chen, Z.W. / Welsh, F.E. / Chapman, S.K. / Reid, G.A. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Molecular Structure of Flavocytochrome b2 at 2.4 A Resolution
著者: Xia, Z.X. / Mathews, F.S.
#2: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 1995
タイトル: Isolation and Characterization of the Flavin-binding Domain of Flavocytochrome b2 Expressed Independently in Escherichia coli
著者: Blame, A. / Brunt, C.E. / Pallister, R.L. / Chapman, S.K. / Reid, G.A.
履歴
登録2001年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B2
B: CYTOCHROME B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4196
ポリマ－91,3832
非ポリマー1,0374
水6,666370
1
A: CYTOCHROME B2
B: CYTOCHROME B2
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME B2
B: CYTOCHROME B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,83912
ポリマ－182,7654
非ポリマー2,0748
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area30850 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area52080 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.730, 147.620, 64.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-787-

HOH

詳細The enzyme is a tetramer.

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME B2


分子量: 45691.297 Da / 分子数: 2 / 断片: FMN-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00175, L-lactate dehydrogenase (cytochrome)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG, sodium citrate, ethylene glycol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris1droppH7.5
326 %PEG40001reservoir
40.17 Msodium citrate1reservoirpH5.6
53 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 37593 / Num. obs: 34160 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 36688 / Num. measured all: 240788
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 96.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FCB

1fcb


解像度: 2.5→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 3470 -RANDOM
Rwork0.157 ---
all-37593 --
obs-34160 90.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6122 0 70 370 6562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.5-2.670.2485130.183X-RAY DIFFRACTION5119
2.67-2.870.2364790.183X-RAY DIFFRACTION5066
2.87-3.150.2645550.191X-RAY DIFFRACTION5397
3.15-3.580.2126120.17X-RAY DIFFRACTION5757
3.58-4.430.1726140.138X-RAY DIFFRACTION5917
4.43-400.1826970.138X-RAY DIFFRACTION6904
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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