[日本語] English
万見
- PDB-1kbh: Mutual Synergistic Folding in the Interaction Between Nuclear Rec... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kbh
タイトルMutual Synergistic Folding in the Interaction Between Nuclear Receptor Coactivators CBP and ACTR
要素
  • CREB-BINDING PROTEIN
  • nuclear receptor coactivator
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Hormone Receptors / p160 / ACTR / CBP / CREB-binding protein / p300 / coactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / cell dedifferentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells ...: / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / cell dedifferentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / regulation of stem cell division / Notch-HLH transcription pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / positive regulation of keratinocyte differentiation / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / MRF binding / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear thyroid hormone receptor binding / face morphogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / positive regulation of stem cell population maintenance / RNA polymerase II complex binding / TFIIB-class transcription factor binding / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to estradiol stimulus / PPARA activates gene expression / MAPK6/MAPK4 signaling / protein destabilization / PML body / cellular response to virus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / disordered domain specific binding / cellular response to UV / rhythmic process / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / protein domain specific binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain / : / Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger ...Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain / : / Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Helix Hairpins / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Helix non-globular / PAS domain superfamily / Special / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Nuclear receptor coactivator 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / Dyana, Sane, Amber
データ登録者Demarest, S.J. / Martinez-Yamout, M. / Chung, J. / Chen, H. / Xu, W. / Dyson, H.J. / Evans, R.M. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Mutual synergistic folding in recruitment of CBP/p300 by p160 nuclear receptor coactivators.
著者: Demarest, S.J. / Martinez-Yamout, M. / Chung, J. / Chen, H. / Xu, W. / Dyson, H.J. / Evans, R.M. / Wright, P.E.
履歴
登録2001年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: nuclear receptor coactivator
B: CREB-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6722
ポリマ－11,6722
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド nuclear receptor coactivator / ACTR


分子量: 5103.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTR / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3(DNAY) / 参照: UniProt: Q9Y6Q9
#2: タンパク質 CREB-BINDING PROTEIN


分子量: 6568.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CBP / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3(DNAY) / 参照: UniProt: P45481

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
3133D 13C-separated NOESY
1214D 13C-separated NOESY
2323D 15N-separated NOESY
34312C-filtered/13C-edited-NOESY
252HNHA
262HNHB

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13mM U-15N,13C-CBP:2059-2117 6mM 14N,12C-ACTR:1018-108810 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
23mM U-15N,12C-CBP:2059-2117 6mM 14N,12C-ACTR:1018-108810 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
33mM U-15N,13C-CBP:2059-2117 6mM 14N,12C-ACTR:1018-108810 mM Tris, 50 mM NaCl 100%D2O
42mM U-15N,13C-ACTR:1018-1088 4mM 14N,12C-CBP:2059-211710 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
52mM U-15N,12C-ACTR:1018-1088 4mM 14N,12C-CBP:2059-211710 mM Tris, 50 mM NaCl 95%H2O,5%D2O
62mM U-15N,13C-ACTR:1018-1088 4mM 14N,12C-CBP:2059-211710 mM Tris, 50 mM NaCl 100%D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
160 mM 6.6ambient 31 K
260 mM 6.6ambient 31 K
360 mM 6.6ambient 31 K
460 mM 6.6ambient 31 K
560 mM 6.6ambient 31 K
660 mM 6.6ambient 31 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AMXBrukerAMX5002
Bruker DMXBrukerDMX7503
Bruker DRXBrukerDRX8004
Bruker AMXBrukerAMX6005

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Wuthrich, et al.精密化
NMRPipe1Delagio, et al.解析
XwinNMR1Brukercollection
UXNMR1Brukercollection
Amber5Case, et al.精密化
NMRView3Johnson, B., et al.データ解析
精密化手法: Dyana, Sane, Amber / ソフトェア番号: 1
詳細: 200 structures originally calculated using unambiguous restraints in Dyana followed by the addition of ambiguous restraints for simulated annealing of the top 100 Dyana structures in Amber. ...詳細: 200 structures originally calculated using unambiguous restraints in Dyana followed by the addition of ambiguous restraints for simulated annealing of the top 100 Dyana structures in Amber. Best 20 structures selected to represent the structure of the ACTR/CBP complex.
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る