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- PDB-1kb2: Crystal Structure of VDR DNA-binding Domain Bound to Mouse Osteop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kb2
タイトルCrystal Structure of VDR DNA-binding Domain Bound to Mouse Osteopontin (SPP) Response Element
要素
  • 5'-D(*CP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*TP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*AP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*G)-3'
  • Vitamin D3 Receptor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / VDR / NUCLEAR RECEPTOR / PROTEIN-DNA COMPLEX / VITAMIN D / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity ...: / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / nuclear steroid receptor activity / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / lactation / skeletal system development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / intracellular calcium ion homeostasis / nuclear receptor activity / calcium ion transport / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Gewirth, D.T.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Structural basis of VDR-DNA interactions on direct repeat response elements.
著者: Shaffer, P.L. / Gewirth, D.T.
履歴
登録2001年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*TP*CP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*AP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*G)-3'
A: Vitamin D3 Receptor
B: Vitamin D3 Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2018
ポリマ－36,9404
非ポリマー2624
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.14, 62.14, 241.75
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*TP*CP*A)-3'


分子量: 5516.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MOUSE OSTEOPONTIN (SPP) RESPONSE ELEMENT
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*AP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*G)-3'


分子量: 5516.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MOUSE OSTEOPONTIN (SPP) RESPONSE ELEMENT
#3: タンパク質 Vitamin D3 Receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor


分子量: 12953.305 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA-binding Domain (Residues 16-125) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR / プラスミド: PET11A-VDR-N1-RPLKS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11473
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 8000, magnesium chloride, MES, glycerol, DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2MgCl211
3MES11
4glycerol11
5DTT11
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.33-0.66 mMprotein1drop
25 mMTris1droppH7.6
350 mM1dropNaCl
42 mMdithiothreitol1drop
54-6 %PEG40001reservoir
650 mMMES1reservoirpH5.6
75 mM1reservoirMgCl2
810 %glycerol1reservoir
910 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 13744 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1342 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KB4

1kb4


解像度: 2.7→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 511147.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD FUNCTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1277 10.2 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all-12490 --
obs-12490 90.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.0135 Å2 / ksol: 0.29281 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.66 Å20 Å20 Å2
2--16.66 Å20 Å2
3----33.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.72 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1364 732 4 35 2135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 113 10.4 %
Rwork0.42 969 -
obs--81.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PARAM_ZN
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 10433 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.289 / Rfactor Rwork: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0146
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.39
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.467 / Rfactor Rwork: 0.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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