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万見
- PDB-1kaq: Structure of Bacillus subtilis Nicotinic Acid Mononucleotide Aden... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kaq
タイトルStructure of Bacillus subtilis Nicotinic Acid Mononucleotide Adenylyl Transferase
要素NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / NaAD
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Combined MAD, molecular replacement phases / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Olland, A.M. / Underwood, K.W. / Czerwinski, R.M. / Lo, M.C. / Aulabaugh, A. / Bard, J. / Stahl, M.L. / Somers, W.S. / Sullivan, F.X. / Chopra, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Identification, characterization, and crystal structure of Bacillus subtilis nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase.
著者: Olland, A.M. / Underwood, K.W. / Czerwinski, R.M. / Lo, M.C. / Aulabaugh, A. / Bard, J. / Stahl, M.L. / Somers, W.S. / Sullivan, F.X. / Chopra, R.
履歴
登録2001年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42014年11月19日Group: Derived calculations
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
B: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
C: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
D: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
E: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
F: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,70612
ポリマ－135,7136
非ポリマー3,9936
水00
1
A: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
D: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5694
ポリマ－45,2382
非ポリマー1,3312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
2
B: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
C: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5694
ポリマ－45,2382
非ポリマー1,3312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
3
E: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
F: NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5694
ポリマ－45,2382
非ポリマー1,3312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.310, 108.784, 177.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
NICOTINATE-NUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE / E.C.2.7.7.18 / DEAMIDO-NAD(+) PYROPHOSPHORYLASE / DEAMIDO-NAD(+) DIPHOSPHORYLASE / NICOTINATE MONONUCLEOTIDE ...DEAMIDO-NAD(+) PYROPHOSPHORYLASE / DEAMIDO-NAD(+) DIPHOSPHORYLASE / NICOTINATE MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE / NAMN ADENYLYLTRANSFERASE / YqeJ


分子量: 22618.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: nadD / プラスミド: pML208 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P54455, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略)


分子量: 665.418 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N6O15P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Magnesium Acetate, xylitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
114 mg/mlprotein1drop
22 mMNaAD1drop
350 mMHEPES1droppH7.5
450 mM1dropNaCl
520 %PEG33501reservoir
6100 mMmagnesium acetate1reservoir
730 %(w/v)xylitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9791, 0.9639
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月5日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.96391
反射解像度: 3.2→15 Å / Num. all: 25491 / Num. obs: 24599 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 1920 / % possible all: 84
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / Num. measured all: 80499 / Rmerge(I) obs: 0.147
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.289

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Combined MAD, molecular replacement phases
解像度: 3.2→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1157 4.8 %random
Rwork0.279 ---
obs-23942 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9004 0 264 0 9268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.913
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.23 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3379 32
Rwork0.3957 -
obs-618
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2975 / Rfactor Rwork: 0.2564
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3379 / Rfactor Rwork: 0.3957

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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