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- PDB-1kaf: DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kaf
タイトルDNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211)
要素Transcription regulatory protein MOTA
キーワードTRANSCRIPTION / Escherichia coli / X-ray crystallography / protein-DNA interactions / structural genomics / eubacterial promoters.
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator MotA, C-terminal domain / Bacteriophage T4, MotA, transcription regulator N-terminal / Transcription regulator MotA, C-terminal / Transcription regulator MotA, C-terminal domain superfamily / Transcription factor MotA, activation domain / Bacteriophage T4 MotA, C-terminal / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Middle transcription regulatory protein motA
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Li, N. / Sickmier, E.A. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / White, S.W.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2002
タイトル: The MotA transcription factor from bacteriophage T4 contains a novel DNA-binding domain: the 'double wing' motif.
著者: Li, N. / Sickmier, E.A. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / White, S.W.
履歴
登録2001年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulatory protein MOTA
B: Transcription regulatory protein MOTA
C: Transcription regulatory protein MOTA
D: Transcription regulatory protein MOTA
E: Transcription regulatory protein MOTA
F: Transcription regulatory protein MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2316
ポリマ－75,2316
非ポリマー00
水11,584643
1
A: Transcription regulatory protein MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5391
ポリマ－12,5391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription regulatory protein MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5391
ポリマ－12,5391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription regulatory protein MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5391
ポリマ－12,5391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcription regulatory protein MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5391
ポリマ－12,5391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Transcription regulatory protein MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5391
ポリマ－12,5391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Transcription regulatory protein MOTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5391
ポリマ－12,5391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.284, 54.733, 91.445
Angle α, β, γ (deg.)94.77, 91.10, 95.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Transcription regulatory protein MOTA


分子量: 12538.558 Da / 分子数: 6 / 断片: DNA binding domain residues 105-211 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: MotA / プラスミド: pet13a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P22915
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
119 %PEG80001reservoir
235 mMpotassium phosphate1reservoir
33 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9789, 0.9636
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97891
30.96361
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 60440 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 %
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 92
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 87713 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 638591 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.258 3253 random
Rwork0.226 --
all-60440 -
obs-60440 -
原子変位パラメータBiso mean: 11.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.19 Å211.06 Å29.45 Å2
2--11.99 Å212.09 Å2
3---13.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5142 0 0 643 5785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond lengths0.0067
X-RAY DIFFRACTIONbond angles1.31
X-RAY DIFFRACTIONdihedrals23.34
X-RAY DIFFRACTIONimpropers0.62
X-RAY DIFFRACTIONmean B factor11.46
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0067
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.344
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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