PDB-1ka2: Structure of Pyrococcus furiosus Carboxypeptidase Apo-Mg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ka2

タイトル

Structure of Pyrococcus furiosus Carboxypeptidase Apo-Mg

要素

M32 carboxypeptidase

キーワード

carboxypeptidase / HEXXH motif / M32 family / metallopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase Taq / metallocarboxypeptidase activity / cobalt ion binding / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Arndt, J.W. / Hao, B. / Ramakrishnan, V. / Cheng, T. / Chan, S.I. / Chan, M.K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of a Novel Carboxypeptidase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus
著者: Arndt, J.W. / Hao, B. / Ramakrishnan, V. / Cheng, T. / Chan, S.I. / Chan, M.K.

履歴

登録	2001年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

Sequence An appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ka2.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ka2.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ka2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ka2_validation.pdf.gz	371.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ka2_full_validation.pdf.gz	385.4 KB	表示
XML形式データ	1ka2_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	1ka2_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/1ka2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/1ka2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k9xSC 1ka4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k9x-1 5e3x-1 1k9x-2 5wvu-2 1ka4-1 3hoa-d 3l8c-d 3nz2-1 5fbs-d 2rcl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: M32 carboxypeptidase

ヘテロ分子

59.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: M32 carboxypeptidase

ヘテロ分子

A: M32 carboxypeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.515, 67.106, 67.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	M32 carboxypeptidase 分子量: 59127.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3L0
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.43 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, TRIS, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 8

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	19 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris	1	drop	pH8.0
3	10 %	glycerol	1	drop
4	25-30 %	PEG4000	1	reservoir
5	100 mM	Tris	1	reservoir	pH8.5
6	20-40 mM		1	reservoir		MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日
放射	モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 29834 / Num. obs: 29834 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 20.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.278 / % possible all: 95.1
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 147392 / R_merge(I) obs*: 0.089
反射シェル	PLUS % possible obs: 95.1 % / R_merge(I) obs*: 0.278

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1k9x

1k9x

解像度: 2.2→19.92 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 274479.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	2983	9.9 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
all	0.239	29834	-	-
obs	0.239	29834	95.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 57.5056 Å² / k_sol: 0.400947 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	18.06 Å²	0 Å²	5.38 Å²
2-	-	-10.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.38 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.29 Å	0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4163	0	1	109	4273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	20.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.28	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.96	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.84	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.34 Å / R_factor R_free error: 0.017 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	398	9.5 %
R_work	0.306	3810	-
obs	-	-	95.1 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.239 / R_factor R_free: 0.284 / R_factor R_work: 0.239

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.63
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	20.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.8

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.337 / R_factor R_work: 0.306

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)