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- PDB-1k9p: CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM FREE (OR APO) HUMAN S100A6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9p
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM FREE (OR APO) HUMAN S100A6
要素S100A6
キーワードSIGNALING PROTEIN / S100A6 / CALCYCLIN / CALCIUM REGULATORY PROTEIN / CALCIUM FREE / APO / CACY
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transmembrane transporter activity / S100 protein binding / tropomyosin binding / ruffle / 軸索誘導 / cytoplasmic side of plasma membrane / calcium-dependent protein binding / positive regulation of fibroblast proliferation / 核膜 / collagen-containing extracellular matrix ...monoatomic ion transmembrane transporter activity / S100 protein binding / tropomyosin binding / ruffle / 軸索誘導 / cytoplasmic side of plasma membrane / calcium-dependent protein binding / positive regulation of fibroblast proliferation / 核膜 / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Protein S100-A6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Otterbein, L.R. / Dominguez, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of S100A6 in the Ca(2+)-free and Ca(2+)-bound states: the calcium sensor mechanism of S100 proteins revealed at atomic resolution.
著者: Otterbein, L.R. / Kordowska, J. / Witte-Hoffmann, C. / Wang, C.L. / Dominguez, R.
履歴
登録2001年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S100A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2722
ポリマ－10,1941
非ポリマー781
水1,27971
1
A: S100A6
ヘテロ分子

A: S100A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5444
ポリマ－20,3872
非ポリマー1562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area3290 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.444, 47.982, 82.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y, -z+1

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要素

#1: タンパク質 S100A6 / / CALCYCLIN / CACY


分子量: 10193.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A6 / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLYS / 参照: UniProt: P06703
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG 1500, 30 mM SODIUM CACODYLATE, 6% GLYCEROL,EGTA 2MM, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mMsodium cacodylate1droppH6.5
22.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
34 mML-cysteine1drop
42 mMEGTA1drop
520 mg/mlprotein1drop
628 %PEG15001reservoir
730 mMsodium cacodylate1reservoirpH7.0
86 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54189 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月4日 / 詳細: CHARLES SUPPER DOUBLE MIRROR X-RAY FOCUSING SYSTEM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541891
211
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 6148 / Num. obs: 6136 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Num. unique all: 1509 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 40635 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CALCIUM FREE S100A6 CYS3MET MUTANT (SELENOMETHIONINE DERIVATIVE)(PDB # 1K8U)

1k8u


解像度: 1.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 314 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.176 6148 --
obs0.176 6130 99.8 %-
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数707 0 4 71 782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.042
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 54 -
Rwork0.199 --
obs-1130 95.5 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.176 / Rfactor Rfree: 0.182 / Rfactor Rwork: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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