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- PDB-1k9k: CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM BOUND HUMAN S100A6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM BOUND HUMAN S100A6
要素S100A6
キーワードSIGNALING PROTEIN / S100A6 / CALCYCLIN / CALCIUM REGULATORY PROTEIN / CALCIUM BOUND / CACY
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transmembrane transporter activity / S100 protein binding / tropomyosin binding / ruffle / axonogenesis / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of fibroblast proliferation / calcium-dependent protein binding / nuclear envelope / extracellular matrix ...monoatomic ion transmembrane transporter activity / S100 protein binding / tropomyosin binding / ruffle / axonogenesis / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of fibroblast proliferation / calcium-dependent protein binding / nuclear envelope / extracellular matrix / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Protein S100-A6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Otterbein, L.R. / Dominguez, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of S100A6 in the Ca(2+)-free and Ca(2+)-bound states: the calcium sensor mechanism of S100 proteins revealed at atomic resolution.
著者: Otterbein, L.R. / Kordowska, J. / Witte-Hoffmann, C. / Wang, C.L. / Dominguez, R.
履歴
登録2001年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S100A6
B: S100A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7048
ポリマ－20,3872
非ポリマー3176
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
2
A: S100A6
B: S100A6
ヘテロ分子

A: S100A6
B: S100A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,40816
ポリマ－40,7754
非ポリマー63312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9600 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.610, 58.439, 51.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 S100A6 / CALCYCLIN / CACY


分子量: 10193.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A6 / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLYS / 参照: UniProt: P06703
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20% PEG 5000 MME, 30 mM TRIS-HCL, 8% GLYCEROL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mMsodium cacodylate1droppH6.5
22.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
34 mML-cysteine1drop
46 mM1dropCaCl2
520 mg/mlprotein1drop
620 %PEG5000 MME1reservoir
730 mMTris-HCl1reservoirpH7.8
88 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月7日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL SI- MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: SI(III) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, L1=1
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.2 Å / Num. all: 17303 / Num. obs: 16853 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.89 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Num. unique all: 3218 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 74706 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.192

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PSORIASIN S100A7 (PBD # 1PSR)

1psr


解像度: 1.76→19.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 851 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.185 17303 --
obs0.185 16825 97 %-
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→19.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1414 0 12 151 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 147 -
Rwork0.206 --
obs-3019 91.7 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.185 / Rfactor Rfree: 0.199 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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