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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k9k | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM BOUND HUMAN S100A6 | ||||||
![]() | S100A6 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / S100A6 / CALCYCLIN / CALCIUM REGULATORY PROTEIN / CALCIUM BOUND / CACY | ||||||
機能・相同性 | ![]() monoatomic ion transmembrane transporter activity / S100 protein binding / tropomyosin binding / ruffle / axonogenesis / cytoplasmic side of plasma membrane / calcium-dependent protein binding / positive regulation of fibroblast proliferation / nuclear envelope / collagen-containing extracellular matrix ...monoatomic ion transmembrane transporter activity / S100 protein binding / tropomyosin binding / ruffle / axonogenesis / cytoplasmic side of plasma membrane / calcium-dependent protein binding / positive regulation of fibroblast proliferation / nuclear envelope / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Otterbein, L.R. / Dominguez, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of S100A6 in the Ca(2+)-free and Ca(2+)-bound states: the calcium sensor mechanism of S100 proteins revealed at atomic resolution. 著者: Otterbein, L.R. / Kordowska, J. / Witte-Hoffmann, C. / Wang, C.L. / Dominguez, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10193.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20% PEG 5000 MME, 30 mM TRIS-HCL, 8% GLYCEROL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月7日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL SI- MIRROR (RH COATING) |
放射 | モノクロメーター: SI(III) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, L1=1 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→19.2 Å / Num. all: 17303 / Num. obs: 16853 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.89 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Num. unique all: 3218 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 74706 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.192 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PSORIASIN S100A7 (PBD # 1PSR) 解像度: 1.76→19.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.11 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→19.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.11
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.185 / Rfactor Rfree: 0.199 / Rfactor Rwork: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.206 |