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- PDB-1k9e: Crystal structure of a mutated family-67 alpha-D-glucuronidase (E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9e
タイトルCrystal structure of a mutated family-67 alpha-D-glucuronidase (E285N) from Bacillus stearothermophilus T-6, complexed with 4-O-methyl-glucuronic acid
要素alpha-D-glucuronidase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoxylan catabolic process / xylan alpha-1,2-glucuronosidase / xylan alpha-1,2-glucuronosidase activity / alpha-glucuronidase activity / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain / Alpha glucuronidase, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, catalytic domain / Alpha glucuronidase / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 middle domain ...Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain / Alpha glucuronidase, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 67, catalytic domain / Alpha glucuronidase / Alpha-glucuronidase, C-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus / Glycosyl hydrolase family 67 middle domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid / Xylan alpha-(1->2)-glucuronosidase / Xylan alpha-1,2-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Golan, G. / Shallom, D. / Teplitsky, A. / Zaide, G. / Shulami, S. / Baasov, T. / Stojanoff, V. / Thompson, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of Geobacillus stearothermophilus {alpha}-Glucuronidase Complexed with Its Substrate and Products: MECHANISTIC IMPLICATIONS.
著者: Golan, G. / Shallom, D. / Teplitsky, A. / Zaide, G. / Shulami, S. / Baasov, T. / Stojanoff, V. / Thompson, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2001年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-D-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,78413
ポリマ－78,5631
非ポリマー1,22112
水8,701483
1
A: alpha-D-glucuronidase
ヘテロ分子

A: alpha-D-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,56926
ポリマ－157,1272
非ポリマー2,44224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)73.576, 73.576, 330.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 alpha-D-glucuronidase


分子量: 78563.258 Da / 分子数: 1 / 変異: E285N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: T6 / 遺伝子: AGUA / プラスミド: pET9d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8VVD2, UniProt: Q09LY5*PLUS, EC: 3.2.1.139
#2: 糖 ChemComp-GCV / 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid / 4-O-METHYL-ALPHA-D-GLUCURONIC ACID / 4-O-methyl-D-glucuronic acid / 4-O-methyl-glucuronic acid / 4-O-メチル-α-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 208.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H12O7
識別子タイププログラム
a-D-GlcpA4OMeIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Na-citrate pH 5.0, 14% PEG 4000, 12% Iso-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / PH range low: 5.5 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlenzyme1drop
214 %(w/v)PEG40001reservoir
312 %(v/v)isopropyl alcohol1reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoirpH5.0-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 72670 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / % possible all: 63.1
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 354446
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: PDB ENTRY 1K9D

1k9d


解像度: 1.85→36.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 192936.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 6967 10.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 68943 92.1 %-
all-72670 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.0392 Å2 / ksol: 0.374165 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.15 Å20 Å20 Å2
2--3.15 Å20 Å2
3----6.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5455 0 80 483 6018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.572.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 814 10.1 %
Rwork0.253 7278 -
obs--62.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2GCU.PARGCU.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GOL.PARGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.351
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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