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- PDB-1k8w: Crystal structure of the E. coli pseudouridine synthase TruB boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k8w
タイトルCrystal structure of the E. coli pseudouridine synthase TruB bound to a T stem-loop RNA
要素
  • 5'-R(*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*CP*GP*UP*UP*GP*C)-3'
  • tRNA Pseudouridine Synthase B
キーワードLYASE/RNA / protein-RNA complex / T stem-loop / tRNA / LYASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA folding / tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification / tRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA pseudouridine synthase II, TruB, subfamily 1, C-terminal / Pseudouridine synthase II TruB, C-terminal / tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Pseudouridine synthase / PUA domain ...tRNA pseudouridine synthase II, TruB, subfamily 1, C-terminal / Pseudouridine synthase II TruB, C-terminal / tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Pseudouridine synthase / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA pseudouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hoang, C. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Cocrystal structure of a tRNA Psi55 pseudouridine synthase: nucleotide flipping by an RNA-modifying enzyme.
著者: Hoang, C. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2001年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*CP*GP*UP*UP*GP*C)-3'
A: tRNA Pseudouridine Synthase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,66112
ポリマ－43,7012
非ポリマー96110
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.054, 40.361, 77.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The T stem-loop RNA used in crystallization contains all the structural determinants employed by TruB in modifying intact tRNA

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*UP*(FHU)P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*CP*GP*UP*UP*GP*C)-3'


分子量: 7062.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T stem-loop RNA
#2: タンパク質 tRNA Pseudouridine Synthase B / TruB Pseudouridine Synthase / tRNA Pseudouridine 55 Synthase / Pseudouridylate synthase


分子量: 36638.551 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 10-314 / Mutation: Residues 1-9 replaced with a His-Tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60340, pseudouridylate synthase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, magnesium chloride, peg400, hepes, tcep, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2MgCl211
3PEG 40011
4HEPES11
5TCEP11
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.21 mMprotein1drop
21.5 Mammonium sulfate1reservoir
310 mM1reservoirMgCl2
42 %PEG4001reservoir
50.1 MHEPES-KOH1reservoirpH7.5
61 mMTCEP1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.9611, 0.9792, 0.9794
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2001年6月7日monochromator
RIGAKU RAXIS IIC2IMAGE PLATE2001年7月4日osmic confocal
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalMADMx-ray1
2osmic confocal mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96111
20.97921
30.97941
41.54181
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 35366 / Num. obs: 35366 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 107243 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.3 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→28.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 562571.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 3444 10 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.184 34482 --
obs0.184 34482 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.2832 Å2 / ksol: 0.373386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.09 Å20 Å20.08 Å2
2--5.58 Å20 Å2
3----1.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 466 50 259 3166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.62.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 526 10 %
Rwork0.236 4732 -
obs--87.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-FHP_REP.PARAMDNA-RNA-FHP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.62.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.287 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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