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万見
- PDB-1k79: Ets-1(331-440)+GGAA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k79
タイトルEts-1(331-440)+GGAA duplex
要素
  • C-ets-1 protein
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*T)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ETS domain / transcription factor / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Oncogene Induced Senescence / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding ...Oncogene Induced Senescence / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. ...Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Garvie, C.W. / Hagman, J. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Structural studies of Ets-1/Pax5 complex formation on DNA.
著者: Garvie, C.W. / Hagman, J. / Wolberger, C.
履歴
登録2001年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*T)-3')
A: C-ets-1 protein
D: C-ets-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2806
ポリマ－44,2806
非ポリマー00
水1,72996
1
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*T)-3')
A: C-ets-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1403
ポリマ－22,1403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*T)-3')
D: C-ets-1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1403
ポリマ－22,1403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.740, 74.580, 79.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 4649.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4504.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 C-ets-1 protein


分子量: 12985.833 Da / 分子数: 2 / Fragment: ETS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ets-1 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27577
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4M-1.6M Sodium Citrate, 100mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium citrate11
2Hepes11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.5 mMDNA1drop
21.4-1.6 Msodium citrate1reservoir
3100 mMHEPES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→17.05 Å / Num. all: 17326 / Num. obs: 17326 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 58.7
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ets-1(331-440) bound to DNA from the Pax5(1-149)+Ets-1(331-440)+DNA complex

解像度: 2.4→17.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1024028 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1723 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.233 17300 --
obs0.233 17300 89.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.0221 Å2 / ksol: 0.370139 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.92 Å20 Å2-2.43 Å2
2---5.47 Å20 Å2
3---0.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→17.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 1214 0 96 3056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 206 -
Rwork0.373 0 -
obs--64.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 17.1 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.275
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.792.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.419 / Rfactor Rwork: 0.373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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