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- PDB-1k6z: Crystal Structure of the Yersinia Secretion Chaperone SycE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k6z
タイトルCrystal Structure of the Yersinia Secretion Chaperone SycE
要素Type III secretion chaperone SycE
キーワードCHAPERONE / secretion / yersinia pestis / toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system
類似検索 - 分子機能
Type III secretion chaperone SycE / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / YopE regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Evdokimov, A.G. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Three-dimensional structure of the type III secretion chaperone SycE from Yersinia pestis.
著者: Evdokimov, A.G. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S.
履歴
登録2001年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / software ...database_2 / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III secretion chaperone SycE
B: Type III secretion chaperone SycE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7004
ポリマ－32,5622
非ポリマー1382
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.879, 56.038, 54.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細we believe that the biological assembly is a dimer, represented in the A.U.

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要素

#1: タンパク質 Type III secretion chaperone SycE / YopE chaperone SycE


分子量: 16280.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: SycE / プラスミド: pKM596 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P31491
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG8000, 500 mM Imidazole Acetate pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG80001reservoir
2500 mMimidazole acetate1reservoirpH7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9796, 0.9795, 0.9400
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月10日
放射モノクロメーター: X9B silicon / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97951
30.941
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 16201 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.92 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 16.65
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1372 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 21311 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: MAD

解像度: 2→35 Å / Isotropic thermal model: one per atom / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: conjugated-gradient LS procedure in SHELXL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 955 4.8 %random
Rwork0.194 ---
all-19757 --
obs-19757 --
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 10 194 2161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.035
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg18.5
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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