PDB-1k66: Crystal Structure of the Cyanobacterial Phytochrome Response Regu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1k66

タイトル

Crystal Structure of the Cyanobacterial Phytochrome Response Regulator, RcpB

要素

Phytochrome Response Regulator RcpB

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Response Regulator / CheY homologue / homodimer / apo-protein / (beta/alpha)5

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能

生物種

Tolypothrix sp. PCC 7601 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Benda, C. / Scheufler, C. / Tandeau de Marsac, N. / Gaertner, W.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of two cyanobacterial response regulators in apo- and phosphorylated form reveal a novel dimerization motif of phytochrome-associated response regulators
著者: Benda, C. / Scheufler, C. / Tandeau de Marsac, N. / Gaertner, W.

履歴

登録	2001年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1k66.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1k66.ent.gz	59 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1k66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1k66_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1k66_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	1k66_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	1k66_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/1k66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/1k66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4b4o-6 3vps-1 3eu0-d 1oev-d 5c1c-d 1oeu-d 1dp2-d 3icp-d 3uyt-4 4b4o-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phytochrome Response Regulator RcpB

B: Phytochrome Response Regulator RcpB

ヘテロ分子

33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.180, 72.180, 142.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Cell setting	tetragonal
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Phytochrome Response Regulator RcpB 分子量: 16796.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tolypothrix sp. PCC 7601 (バクテリア) 遺伝子: AF309560 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Gold, Novagen / 参照: UniProt: Q8RTM8
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %

結晶化

温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, tris buffer, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 280K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	3.75 M	sodium formate	1	reservoir
2	5 %(v/v)	glycerol	1	reservoir
3	1 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir
4	3-5 mg/ml	protein	1	drop
5	150 mM		1	drop	NaCl
6	10 mM	Tris-HCl	1	drop		pH8.0
7	5 %(v/v)	glycerol	1	drop
8	1 mM	2-mercaptoethanol	1	drop

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	MPG/DESY, HAMBURG	BW6		1	0.9800, 0.9811, 0.9500, 1.05
回転陽極			RIGAKU	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2001年3月20日
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98	1
2	0.9811	1
3	0.95	1
4	1.05	1
5	1.5418	1

反射

解像度: 1.75→14.52 Å / Num. all: 37955 / Num. obs: 37955 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 22.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 27.4

反射

*PLUS

最低解像度: 20 Å / Num. obs: 39024 / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 260719

反射シェル

*PLUS

最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 3.9 Å / % possible obs: 98.8 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 12.2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
MLPHARE	位相決定
CNS	精密化

精密化

解像度: 1.75→14.52 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1616477.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	3771	9.9 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.2161	37955	97.6 %	-
all	-	37955	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 81.0128 Å² / k_sol: 0.473444 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.09 Å	0.07 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→14.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2353	0	4	393	2750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.83
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.86 Å / R_factor R_free error: 0.011 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	642	10.1 %
R_work	0.248	5704	-
obs	-	-	99.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	BME_XPLOR.PAR	BME_XPLOR.TOP

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.243 / R_factor R_work: 0.199

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.83

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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