[日本語] English
万見
- PDB-1k63: Complex of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k63
タイトルComplex of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis with UT26 2-BROMO-2-PROPENE-1-OL at 1.8A resolution
要素1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase
キーワードHYDROLASE / DEHALOGENASE / LINDANE / BIODEGRADATION / ALPHA/BETA-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 2-BROMO-2-PROPENE-1-OL / Haloalkane dehalogenase / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Streltsov, V.A. / Damborsky, J. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26: X-ray crystallographic studies of dehalogenation of brominated substrates
著者: Streltsov, V.A. / Prokop, Z. / Damborsky, J. / Nagata, Y. / Oakley, A. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2001年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,59110
ポリマ－33,0131
非ポリマー5789
水8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.180, 68.951, 80.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase / Haloalkane Dehalogenase Linb


分子量: 33013.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
プラスミド: PMYLB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51698, UniProt: D4Z2G1*PLUS, haloalkane dehalogenase

-
非ポリマー , 5種, 471分子

#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BRP / 2-BROMO-2-PROPENE-1-OL / 2-ブロモ-2-プロペン-1-オ-ル


分子量: 136.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5BrO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細BR(1001) AND CL(1003) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. CL(1004) AND BR(1002) ARE IN ...BR(1001) AND CL(1003) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. CL(1004) AND BR(1002) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. BRP(2001) AND BRP(2002) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, TRIS , pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54179
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月1日 / 詳細: MONOCHROMATOR AND MIRRORS
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.8 Å / Num. all: 23055 / Num. obs: 23055 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 7.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 11.859
反射 シェル解像度: 1.8→1.98 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 4506 / % possible all: 83.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K5P

1k5p


解像度: 1.8→27.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 365901.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: The structure was refined also with XTALVIEW.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 2278 9.9 %RANDOM
Rwork0.1413 ---
all0.1413 23055 --
obs0.1413 23055 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 77.76 Å2 / ksol: 0.374018 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20 Å20 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3----0.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 17 462 2807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 527 10.5 %
Rwork0.202 4506 -
obs-4506 83.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5BRP.PARAMBRP.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る