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万見
- PDB-1iz8: Re-refinement of the structure of hydrolytic haloalkane dehalogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iz8
タイトルRe-refinement of the structure of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 with 1,3-propanediol, a product of debromidation of dibrompropane, at 2.0A resolution
要素HALOALKANE DEHALOGENASE, LINB
キーワードHYDROLASE / DEHALOGENASE / LINDANE / BIODEGRADATION / ALPHA/BETA-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 1,3-PROPANDIOL / Haloalkane dehalogenase / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Streltsov, V.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26: X-ray crystallographic studies of dehalogenation of brominated substrates
著者: Streltsov, V.A. / Prokop, Z. / Damborsky, J. / Nagata, Y. / Oakley, A. / Wilce, M.C.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26
著者: Marek, J. / Vevodova, J. / Smatanova, I. / Nagata, Y. / Svensson, L.A. / Newman, J. / Takagi, M. / Damborsky, J.
履歴
登録2002年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Other
改定 1.42017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.52023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0This entry 1IZ8 reflects an alternative modeling of the structural data in r1d07sf, In PDB entry ...This entry 1IZ8 reflects an alternative modeling of the structural data in r1d07sf, In PDB entry 1IZ8 information in remark 200 series is based on the experiment described in pdb entry 1D07 original data determined by author: J.MAREK,J.VEVODOVA,I.SMATANOVA,Y.NAGATA,L.A.SVENSSON,J.NEWMAN,M.TAKAGI,J.DAMBORSKY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALOALKANE DEHALOGENASE, LINB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2906
ポリマ－33,0131
非ポリマー2765
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.227, 71.721, 73.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2003-

CA

21A-1291-

HOH

31A-1306-

HOH

41A-1316-

HOH

51A-1332-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HALOALKANE DEHALOGENASE, LINB / 1 / 3 / 4 / 6-tetrachloro-1 / 4-cyclohexadiene hydrolase


分子量: 33013.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
株: UT26 / プラスミド: PMYLB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
参照: UniProt: P51698, UniProt: D4Z2G1*PLUS, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 % / 解説: Author used the sf data from entry 1D07.
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: re-refined 1D07

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 13 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
XTALVIEW精密化
精密化解像度: 2→17.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1958543.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1210 8.3 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs-14610 79 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 122.835 Å2 / ksol: 0.441396 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---3.36 Å20 Å2
3---3.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→17.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 9 310 2641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 2→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 264 7.9 %
Rwork0.199 3070 -
obs--73.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PDO.PARAMPDO.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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