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万見
- PDB-1k3r: Crystal Structure of the Methyltransferase with a Knot from Metha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k3r
タイトルCrystal Structure of the Methyltransferase with a Knot from Methanobacterium thermoautotrophicum
要素conserved protein MT0001
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta barrel / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative RNA methyltransferase / Putative RNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel ...Putative RNA methyltransferase / Putative RNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zarembinski, T.I. / Kim, Y. / Peterson, K. / Christendat, D. / Dharamsi, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Deep trefoil knot implicated in RNA binding found in an archaebacterial protein.
著者: Zarembinski, T.I. / Kim, Y. / Peterson, K. / Christendat, D. / Dharamsi, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2001年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved protein MT0001
B: conserved protein MT0001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4702
ポリマ－60,4702
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.307, 51.353, 109.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, y,-z.

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要素

#1: タンパク質 conserved protein MT0001


分子量: 30235.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O26109
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% Jeffamine M-600, 0.1 M MES, 0.05M CsCl, 4% polypropylene glycol 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.7 mg/mlprotein1drop
215 %(v/v)Jeffamine M-6001drop
350 mMMES1droppH6.5
425 mM1dropCsCl
530 %(v/v)Jeffamine M-6001reservoir
6100 mMMES1reservoirpH6.5
750 mM1reservoirCsCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918, 0.97931, 1.03320
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromator Si-111MADMx-ray1
2Double crystal monochromator Si-111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.979311
31.03321
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 25125 / Num. obs: 25125 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 100 Å / 冗長度: 6.36 % / Num. measured all: 161118 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.23 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→500 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber (1991)
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2773 2157 RANDOM
Rwork0.2214 --
all0.2396 25193 -
obs0.227 21790 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4158 0 0 120 4278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009838
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54162
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2826 34
Rwork0.2062 -
obs-294
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 100 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.221 / Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0098
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5416
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.02
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2062

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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