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万見
- PDB-1k32: Crystal structure of the tricorn protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k32
タイトルCrystal structure of the tricorn protease
要素tricorn protease
キーワードHYDROLASE / protein degradation / substrate gating / serine protease / beta propeller / proteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tricorn protease N-terminal domain / Tricorn protease / Tricorn protease, PDZ domain / Tricorn protease PDZ domain / Tricorn protease C1 domain / Tricorn protease C1 domain / Transcription Regulator spoIIAA - #44 / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / tail specific protease ...Tricorn protease N-terminal domain / Tricorn protease / Tricorn protease, PDZ domain / Tricorn protease PDZ domain / Tricorn protease C1 domain / Tricorn protease C1 domain / Transcription Regulator spoIIAA - #44 / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / Transcription Regulator spoIIAA / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / PDZ domain / Pdz3 Domain / 6 Propeller / Neuraminidase / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / PDZ superfamily / Roll / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 多波長異常分散, NCS Averaging / 解像度: 2 Å
データ登録者Brandstetter, H. / Kim, J.-S. / Groll, M. / Huber, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the tricorn protease reveals a protein disassembly line.
著者: Brandstetter, H. / Kim, J.S. / Groll, M. / Huber, R.
履歴
登録2001年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN HOH 2001-2399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. HOH 3001-3399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. HOH ...HETEROGEN HOH 2001-2399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. HOH 3001-3399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. HOH 4001-4399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN C. HOH 5001-5399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN D. HOH 6001-6399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN E. HOH 7001-7399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN F.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tricorn protease
B: tricorn protease
C: tricorn protease
D: tricorn protease
E: tricorn protease
F: tricorn protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)712,0806
ポリマ－712,0806
非ポリマー00
水43,1282394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52130 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area207920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.86, 245.998, 159.04
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 105.296, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細homohexamer following 3-2 symmetry, completely contained in the coordinate file

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要素

#1: タンパク質
tricorn protease


分子量: 118680.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: TA1490 / プラスミド: pRSET-tric / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96086, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% isopropanol, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 51 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
225-30 %MES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 475881 / Num. obs: 394093 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 394093 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 68.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.208
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.313

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RSPSモデル構築
MLPHARE位相決定
MAINモデル構築
SOLOMON位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RSPS位相決定
MAIN位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 多波長異常分散, NCS Averaging
解像度: 2→20 Å
交差検証法: direct space free density correlation reciprocal free R
σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 19824 5.3 %5%
Rwork0.245 ---
all-374269 --
obs-374269 78.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49062 0 0 2394 51456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.34
LS精密化 シェル解像度: 2→2.04 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 1438 4.5 %
Rwork0.289 --
obs-31827 79.1 %
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.248 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.248
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.08
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.323 / Rfactor Rwork: 0.289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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