+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k32 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the tricorn protease | ||||||
![]() | tricorn protease | ||||||
![]() | HYDROLASE / protein degradation / substrate gating / serine protease / beta propeller / proteasome | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / proteolysis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brandstetter, H. / Kim, J.-S. / Groll, M. / Huber, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the tricorn protease reveals a protein disassembly line. 著者: Brandstetter, H. / Kim, J.S. / Groll, M. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 600 | HETEROGEN HOH 2001-2399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. HOH 3001-3399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. HOH ...HETEROGEN HOH 2001-2399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. HOH 3001-3399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B. HOH 4001-4399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN C. HOH 5001-5399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN D. HOH 6001-6399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN E. HOH 7001-7399 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN F. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1004.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | homohexamer following 3-2 symmetry, completely contained in the coordinate file |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118680.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P96086, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 % | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% isopropanol, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 475881 / Num. obs: 394093 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 394093 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 68.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.208 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.313 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 解像度: 2→20 Å 交差検証法: direct space free density correlation reciprocal free R σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.04 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.248 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.248 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.323 / Rfactor Rwork: 0.289 |