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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k2v | ||||||
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タイトル | E. COLI PERIPLASMIC PROTEIN FHUD COMPLEXED WITH DESFERAL | ||||||
要素 | Ferrichrome-binding periplasmic protein | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / two domains / alpha helix linker | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion import across plasma membrane / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Clarke, T.E. / Braun, V. / Winkelmann, G. / Tari, L.W. / Vogel, H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: X-ray crystallographic structures of the Escherichia coli periplasmic protein FhuD bound to hydroxamate-type siderophores and the antibiotic albomycin. 著者: Clarke, T.E. / Braun, V. / Winkelmann, G. / Tari, L.W. / Vogel, H.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k2v.cif.gz | 67.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k2v.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k2v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k2v_validation.pdf.gz | 470.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1k2v_full_validation.pdf.gz | 476.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k2v_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k2v_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/1k2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/1k2v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29694.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fhuD / プラスミド: pMR21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07822 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DEF / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Na/K phosphate, HEPES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→30 Å / Num. all: 25748 / Num. obs: 22886 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / % possible all: 88.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EFD 解像度: 1.97→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 2 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELYHOOD FUNCTION
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.021
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.22 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.22 |