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- PDB-1k23: Inorganic Pyrophosphatase (Family II) from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k23
タイトルInorganic Pyrophosphatase (Family II) from Bacillus subtilis
要素Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / inorganic pyrophosphatase / manganese / binuclear metal centre
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase, probable / DHHA2 domain / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family ...Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase, probable / DHHA2 domain / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ahn, S. / Milner, A.J. / Futterer, K. / Konopka, M. / Ilias, M. / Young, T.W. / White, S.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The "open" and "closed" structures of the type-C inorganic pyrophosphatases from Bacillus subtilis and Streptococcus gordonii.
著者: Ahn, S. / Milner, A.J. / Futterer, K. / Konopka, M. / Ilias, M. / Young, T.W. / White, S.A.
履歴
登録2001年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
B: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
C: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
D: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,48012
ポリマ－137,0414
非ポリマー4408
水1,04558
1
A: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
B: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7406
ポリマ－68,5202
非ポリマー2204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
D: Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7406
ポリマ－68,5202
非ポリマー2204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.290, 130.560, 150.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPASE


分子量: 34260.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37487, inorganic diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: PEG 8000, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
122 %(w/v)PEG80001drop
2100 mMimidazole1drop
310 mM1dropMnCl2
410 mM1dropMgCl2
55 mMpotassium phosphate1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9763, 0.9793, 0.9393
シンクロトロンESRF ID14-420.9786, 0.9793, 0.9393
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年2月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年2月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
20.97931
30.93931
40.97861
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 32005 / Num. obs: 32005 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.084 / Num. unique all: 4597 / Rsym value: 0.083 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 112247 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 98.5 % / Num. unique obs: 4579 / Num. measured obs: 16468 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 9.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SnB位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHAKE-N-BAKE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4863302.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1570 5 %RANDOM
Rwork0.26 ---
all-31603 --
obs-31603 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.250818 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.91 Å20 Å20 Å2
2---25.74 Å20 Å2
3---41.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8907 0 8 58 8973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 225 4.4 %
Rwork0.349 4878 -
obs--95.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GLYCEROL.PARGLYCEROL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 57.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.42 / % reflection Rfree: 4.4 % / Rfactor Rwork: 0.349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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