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- PDB-1k1v: Solution Structure of the DNA-Binding Domain of MafG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1v
タイトルSolution Structure of the DNA-Binding Domain of MafG
要素MafG
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Maf / transcription factor / DNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of epidermal cell differentiation / adult behavior / RNA polymerase II transcription regulator complex / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / in utero embryonic development / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression ...Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of epidermal cell differentiation / adult behavior / RNA polymerase II transcription regulator complex / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / in utero embryonic development / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Factor Skn-1; Chain P / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain / Transcription factor Maf family / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily ...Transcription Factor Skn-1; Chain P / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain / Transcription factor Maf family / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor MafG
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kusunoki, H. / Motohashi, H. / Katsuoka, F. / Morohashi, A. / Yamamoto, M. / Tanaka, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of the DNA-binding domain of MafG.
著者: Kusunoki, H. / Motohashi, H. / Katsuoka, F. / Morohashi, A. / Yamamoto, M. / Tanaka, T.
履歴
登録2001年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MafG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9631
ポリマ－4,9631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MafG / Transcription factor MafG


分子量: 4962.735 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 24-64 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O54790

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
141HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy on 13C/15N or 15N labeled MafG(1-76).

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試料調製

詳細内容: 1.5-2.0mM MafG(1-76); 20mM Sodium phosphate, 10mM Dithiothreitol-d10; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITY INOVAVarianUNITY INOVA5001
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger, A.T.構造決定
X-PLOR3.851Brunger, A.T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 843 restraints: 817 NOE-derived distance restraints and 26 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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