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- PDB-1k1f: Structure of the Bcr-Abl Oncoprotein Oligomerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1f
タイトルStructure of the Bcr-Abl Oncoprotein Oligomerization domain
要素BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / Oligomerization / coiled coil / Bcr-Abl kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / neutrophil degranulation / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of vascular permeability ...negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / neutrophil degranulation / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of vascular permeability / regulation of Rho protein signal transduction / focal adhesion assembly / activation of GTPase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / definitive hemopoiesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / inner ear morphogenesis / RHOB GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / RHOC GTPase cycle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / neuromuscular process controlling balance / CDC42 GTPase cycle / homeostasis of number of cells / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FGFR1 in disease / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / negative regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / dendritic spine / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / postsynaptic density / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Abr/Bcr / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / PH domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain ...Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Abr/Bcr / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / PH domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Few Secondary Structures / Irregular / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Breakpoint cluster region protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhao, X. / Ghaffari, S. / Lodish, H. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of the Bcr-Abl oncoprotein oligomerization domain.
著者: Zhao, X. / Ghaffari, S. / Lodish, H. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S.
履歴
登録2001年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
B: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
C: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
D: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
E: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
F: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
G: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
H: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6768
ポリマ－69,6768
非ポリマー00
水7,566420
1
A: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
B: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
C: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
D: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8384
ポリマ－34,8384
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
2
E: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
F: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
G: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN
H: BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8384
ポリマ－34,8384
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.988, 121.173, 60.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
BREAKPOINT CLUSTER REGION PROTEIN


分子量: 8709.438 Da / 分子数: 8 / 断片: bcr1-72 / 変異: C38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11274, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlBcr1-72C38A1drop
22.5 Mammonium sulfate1reservoir
320 mMphosphate1drop
46 Mguanidine hydrochloride1droppH6.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9686,0.9789,0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月7日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
20.97891
30.97931
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 51720 / Num. obs: 51251 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→10 Å / Data cutoff high absF: 1412713.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 2505 -RANDOM
Rwork0.262 ---
all0.27 51720 --
obs0.262 51251 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80.6333 Å2 / ksol: 0.477025 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.21 Å20 Å20.43 Å2
2---9.68 Å20 Å2
3---0.47 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4358 0 0 420 4778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.308 6512 -
obs--99.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.06
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.308 / Rfactor obs: 0.308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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