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- PDB-1k1a: Crystal structure of the ankyrin repeat domain of Bcl-3: a unique... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1a
タイトルCrystal structure of the ankyrin repeat domain of Bcl-3: a unique member of the IkappaB protein family
要素B-cell lymphoma 3-encoded protein
キーワードTRANSCRIPTION / Bcl-3 / NF-kappaB transcription factors / IkappaB proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


Bcl3-Bcl10 complex / follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / regulation of DNA binding / marginal zone B cell differentiation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of interleukin-8 production / T cell apoptotic process / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / germinal center formation ...Bcl3-Bcl10 complex / follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / regulation of DNA binding / marginal zone B cell differentiation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of interleukin-8 production / T cell apoptotic process / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / germinal center formation / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of T cell apoptotic process / T-helper 2 cell differentiation / antimicrobial humoral response / response to UV-C / T-helper 1 type immune response / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / canonical NF-kappaB signal transduction / spleen development / extracellular matrix organization / positive regulation of translation / response to virus / histone deacetylase binding / protein import into nucleus / positive regulation of type II interferon production / transcription corepressor activity / protein-macromolecule adaptor activity / midbody / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Michel, F. / Soler-Lopez, M. / Petosa, C. / Cramer, P. / Siebenlist, U. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the ankyrin repeat domain of Bcl-3: a unique member of the IkappaB protein family.
著者: Michel, F. / Soler-Lopez, M. / Petosa, C. / Cramer, P. / Siebenlist, U. / Muller, C.W.
履歴
登録2001年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 3-encoded protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8291
ポリマ－25,8291
非ポリマー00
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.703, 51.218, 64.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 3-encoded protein / BCL3 / BCL-3 protein


分子量: 25829.451 Da / 分子数: 1 / 断片: ankyrin repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20749
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMMES1drop
2350 mM1dropNaCl
35 mMdithiothreitol1drop
43-10 mg/mlprotein1drop
55 %PEG60001reservoir
6100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 17021 / Num. obs: 17021 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique all: 1479 / Rsym value: 0.697 / % possible all: 77.8
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / 冗長度: 2.71 % / Num. measured all: 46088 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.8 % / Rmerge(I) obs: 0.697

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ikn

1ikn


解像度: 1.86→20 Å / SU B: 3.68115 / SU ML: 0.11055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18488 / ESU R Free: 0.15154 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESIDUES SER178,VAL179,LEU182,GLN251,ARG269,SER307 PRESENT DOUBLE CONFORMATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22859 828 5 %RANDOM
Rwork0.19899 ---
all0.2004 16328 --
obs0.2004 16328 89.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.04 Å2
2---1.27 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1729 0 0 195 1924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0070.021
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.5781.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.1042
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.7893
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.1034.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0040.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.070.2
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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