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- PDB-1k0t: NMR SOLUTION STRUCTURE OF UNBOUND, OXIDIZED PHOTOSYSTEM I SUBUNIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k0t
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF UNBOUND, OXIDIZED PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAC, CONTAINING [4FE-4S] CLUSTERS FA AND FB
要素PSAC SUBUNIT OF PHOTOSYSTEM I
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR PROTEIN / SOLUTION STRUCTURE / PARAMAGNETIC / CONFORMATIONAL CHANGE / PHOTOSYSTEM I / PSAC
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / molecular adaptor activity / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #20 / : / Photosystem I protein PsaC / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I iron-sulfur center
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, a simulated annealing algorithm
データ登録者Antonkine, M.L. / Liu, G. / Bentrop, D. / Bryant, D.A. / Bertini, I. / Luchinat, C. / Golbeck, J.H. / Stehlik, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of the unbound, oxidized Photosystem I subunit PsaC, containing [4Fe-4S] clusters F(A) and F(B): a conformational change occurs upon binding to photosystem I.
著者: Antonkine, M.L. / Liu, G. / Bentrop, D. / Bryant, D.A. / Bertini, I. / Luchinat, C. / Golbeck, J.H. / Stehlik, D.
履歴
登録2001年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSAC SUBUNIT OF PHOTOSYSTEM I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3953
ポリマ－8,6921
非ポリマー7032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 400LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PSAC SUBUNIT OF PHOTOSYSTEM I


分子量: 8692.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC 7002 / 遺伝子: psac / プラスミド: pet-3d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P31087
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D DQF-COSY
1312D TOCSY
1411D-NOE
1513D HSQC-NOESY
1613D-HSQC-TOCSY
1711H-15N HSQC
181HNHA
391TOCSY
31012D NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H AND 15N NMR SPECTROSCOPY. EXPERIMENTAL DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.5mM PsaC U-15N; 25mM phosphate buffer pH=7.6; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22.5mM PsaC U-15N; 25mM phosphate buffer pH=8.0; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
32.5mM PsaC; 25mM phosphate buffer pH=8.0; 99% D2O99% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
125 mM 7.61 atm285.00 K
225 mM 81 atm285.00 K
325 mM 7.61 atm298.00 K
425 mM 81 atm298.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE 800BrukerAVANCE 8008001
Bruker AVANCE 600BrukerAVANCE 6006002
Bruker DRX 500BrukerDRX 5005003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert P, Mumenthaler C., Wuethrich K.構造決定
DYANA1.5Guentert P, Mumenthaler C., Wuethrich K.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, a simulated annealing algorithm
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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