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- PDB-1k0m: Crystal structure of a soluble monomeric form of CLIC1 at 1.4 ang... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k0m
タイトルCrystal structure of a soluble monomeric form of CLIC1 at 1.4 angstroms
要素CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1
キーワードMETAL TRANSPORT / glutathione-S-tranferase superfamily / Chloride Ion Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione dehydrogenase (ascorbate) / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / brush border / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope ...glutathione dehydrogenase (ascorbate) / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / brush border / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope / nuclear membrane / vesicle / blood microparticle / oxidoreductase activity / cadherin binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chloride intracellular channel protein 1 / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like ...Chloride intracellular channel protein 1 / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Harrop, S.J. / DeMaere, M.Z. / Fairlie, W.D. / Reztsova, T. / Valenzuela, S.M. / Mazzanti, M. / Tonini, R. / Qiu, M.R. / Jankova, L. / Warton, K. ...Harrop, S.J. / DeMaere, M.Z. / Fairlie, W.D. / Reztsova, T. / Valenzuela, S.M. / Mazzanti, M. / Tonini, R. / Qiu, M.R. / Jankova, L. / Warton, K. / Bauskin, A.R. / Wu, W.M. / Pankhurst, S. / Campbell, T.J. / Breit, S.N. / Curmi, P.M.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a soluble form of the intracellular chloride ion channel CLIC1 (NCC27) at 1.4-A resolution.
著者: Harrop, S.J. / DeMaere, M.Z. / Fairlie, W.D. / Reztsova, T. / Valenzuela, S.M. / Mazzanti, M. / Tonini, R. / Qiu, M.R. / Jankova, L. / Warton, K. / Bauskin, A.R. / Wu, W.M. / Pankhurst, S. / ...著者: Harrop, S.J. / DeMaere, M.Z. / Fairlie, W.D. / Reztsova, T. / Valenzuela, S.M. / Mazzanti, M. / Tonini, R. / Qiu, M.R. / Jankova, L. / Warton, K. / Bauskin, A.R. / Wu, W.M. / Pankhurst, S. / Campbell, T.J. / Breit, S.N. / Curmi, P.M.
履歴
登録2001年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1
B: CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7632
ポリマ－53,7632
非ポリマー00
水11,818656
1
A: CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8821
ポリマ－26,8821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8821
ポリマ－26,8821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.271, 55.332, 89.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細SOLUBLE MONOMERIC FORM

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要素

#1: タンパク質 CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1 / CLIC1 / NCC27


分子量: 26881.605 Da / 分子数: 2 / 断片: CLIC1 / 変異: E151G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00299
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG MME 5K, AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-20 mg/mlprotein1drop
20.5 %n-octyl-beta-D-glucopyranoside1drop
314-18 %PEG5000 MME1reservoir
40-30 mMammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoirpH5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→87 Å / Num. all: 81905 / Num. obs: 81905 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Rsym value: 0.022 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Num. unique all: 4039 / Rsym value: 0.098 / % possible all: 94.2
反射
*PLUS
最低解像度: 87 Å / Num. obs: 81729 / % possible obs: 94.1 % / Num. measured all: 259290 / Rmerge(I) obs: 0.03
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 6.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.4→87.71 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLS parameters refined for the N and C domains in each monomer
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17799 4089 5 %RANDOM
Rwork0.13815 ---
all0.14012 77616 --
obs0.14012 77616 94.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.755 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20.24 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3722 0 0 656 4378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0181.598
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.772.4
LS精密化 シェル最高解像度: 1.4 Å / Rfactor Rfree: 0.177 / Rfactor Rwork: 0.127 / Total num. of bins used: 20
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.138
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.772.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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