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万見
- PDB-1jyk: Catalytic Mechanism of CTP:phosphocholine Cytidylyltransferase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jyk
タイトルCatalytic Mechanism of CTP:phosphocholine Cytidylyltransferase from Streptococcus pneumoniae (LicC)
要素CTP:phosphocholine Cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / LicC / 3D Structure / CTP:phosphocholine cytidylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CTP:phosphocholine cytidylyltransferase / : / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LicC protein / LicC protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kwak, B.-Y. / Yun, M. / Park, H.-w.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and mechanism of CTP:phosphocholine cytidylyltransferase (LicC) from Streptococcus pneumoniae.
著者: Kwak, B.Y. / Zhang, Y.M. / Yun, M. / Heath, R.J. / Rock, C.O. / Jackowski, S. / Park, H.W.
履歴
登録2001年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTP:phosphocholine Cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8051
ポリマ－29,8051
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.62, 63.59, 122.38
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CTP:phosphocholine Cytidylyltransferase / licC protein


分子量: 29805.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: LicC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97QE9, UniProt: A0A0H2UQB5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, ammonium sulfate, tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
123.3 mg/mlprotein11
250 mMTris11pH7.5
31 mMdithiothreitol11
41 mMEDTA11
50.1 Msodium citrate12
61.85 Mammonium sulfate12
70.2 Msodium potassium tartrate12pH5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795, 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97941
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 54137 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.79 % / Num. unique all: 10252 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 1187180 / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
XTALVIEW精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.241 -RANDOM
Rwork0.218 --
all-49170 -
obs-49170 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1903 0 0 237 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.37
ソフトウェア
*PLUS
名称: XTALVIEW / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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