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- PDB-1jx0: Chalcone Isomerase--Y106F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jx0
タイトルChalcone Isomerase--Y106F mutant
要素CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
キーワードISOMERASE / monomer / unique fold
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A ...Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / Chalcone--flavanone isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Noel, J.P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Role of Hydrogen Bonds in the Reaction Mechanism of Chalcone Isomerase
著者: Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Noel, J.P.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure and Mechanism of the Evolutionarily Unique Plant Enzyme Chalcone Isomerase
著者: Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
履歴
登録2001年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3117
ポリマ－47,6702
非ポリマー6415
水1,820101
1
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3805
ポリマ－23,8351
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9312
ポリマ－23,8351
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子

A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,62214
ポリマ－95,3414
非ポリマー1,28110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area7690 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PISA
5
A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子

A: CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,75910
ポリマ－47,6702
非ポリマー1,0898
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3590 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.56, 89.56, 351.66
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 CHALCONE--FLAVONONE ISOMERASE 1 / CHALCONE ISOMERASE 1


分子量: 23835.234 Da / 分子数: 2 / 変異: Y106F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
プラスミド: pHIS8 (modified pET28b) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28012, chalcone isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DFV / 7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / 5-DEOXYFLAVANONE / リクイリチゲニン


分子量: 256.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O4 / コメント: アゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: glycerol, ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 %(v/v)glycerol1reservoir
22.0 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→58.16 Å / Num. all: 19709 / Num. obs: 19709 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.85→2.98 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2456 / Rsym value: 0.516 / % possible all: 88.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.85 Å / 最低解像度: 58 Å / Num. obs: 19000 / Num. measured all: 261225 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.516

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wild-type chalcone isomerase with alanine at position 106

解像度: 2.85→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 898 4.9 %random
Rwork0.274 ---
all-19992 --
obs-18476 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 0.311596 Å2 / ksol: 54.0715 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.51 Å226.06 Å20 Å2
2--17.5 Å20 Å2
3----33.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.73 Å
Luzzati d res high-2.85
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 39 101 3333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ilq.parilq.top
X-RAY DIFFRACTION4sul.parsul.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 58 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.263
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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