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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jwj | ||||||
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タイトル | Murine Inducible Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer (Delta 65) with W457F Mutation at Tetrahydrobiopterin Binding Site | ||||||
要素 | Nitric Oxide Synthase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Nitric Oxide L-Arginine Monooxygenase / Heme / Dimer / NOS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to cytokine stimulus / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / regulation of blood pressure / beta-catenin binding / circadian rhythm / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / peroxisome / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / actin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Aoyagi, M. / Arvai, A.S. / Ghosh, S. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structures of tetrahydrobiopterin binding-site mutants of inducible nitric oxide synthase oxygenase dimer and implicated roles of Trp457. 著者: Aoyagi, M. / Arvai, A.S. / Ghosh, S. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: A Conserved Tryptophan in Nitric Oxide Synthase Regulates Heme-dioxy Reduction by Tetrahydrobiopterin 著者: Wang, Z.-Q. / Wei, C.-C. / Ghosh, S. / Meade, A. / Hemann, C. / Hille, R. / Stuehr, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jwj.cif.gz | 194.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jwj.ent.gz | 151.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jwj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/1jwj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated from each subunit, A and B, in the asymmetric unit by the operations 1+y-x, y, 1/2-z and 2-x, 1-x+y, 2/3-z+5/3. |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50081.914 Da / 分子数: 2 / 断片: Oxygenase Domain 65-498 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH) #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 347分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.98 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Ammonium sulfate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 142979 / Num. obs: 46998 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.04 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4115 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 87 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 142979 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87 % / Rmerge(I) obs: 0.45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NOD 解像度: 2.6→49.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 769561.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.9435 Å2 / ksol: 0.320533 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 47.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.383 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.357 |