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万見
- PDB-1jwd: Ca2+-induced Structural Changes in Calcyclin: High-resolution Sol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jwd
タイトルCa2+-induced Structural Changes in Calcyclin: High-resolution Solution Structure of Ca2+-bound Calcyclin.
要素Calcyclin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ca(2+)-binding protein / S100 protein / EF-hand / S100A6
機能・相同性
機能・相同性情報


S100 protein binding / cytoplasmic side of plasma membrane / calcium-dependent protein binding / nuclear envelope / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Protein S100-A6 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法溶液NMR / distance geometry, restrained molecular dynamics
データ登録者Maler, L. / Sastry, M. / Chazin, W.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: A structural basis for S100 protein specificity derived from comparative analysis of apo and Ca(2+)-calcyclin
著者: Maler, L. / Sastry, M. / Chazin, W.J.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: High Resolution Solution Structure of Apo Calcyclin and Structural Variations in the S100 Family of Calcium-binding Proteins.
著者: Maler, L. / Potts, B.C.M. / Chazin, W.J.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The Three-dimenisonal Structure of Ca(2+)-bound Calcyclin: Implications for Ca(2+)-signal Transduction by S100 Proteins.
著者: Sastry, M. / Ketchem, R.R. / Crescenzi, O. / Weber, C. / Lubienski, M.J. / Hidaka, H. / Chazin, W.J.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Structure of Calcyclin Reveals a Novel Homodimeric Fold for S100 Ca(2+)-binding Proteins.
著者: Potts, B.C. / Smith, J. / Akke, M. / Macke, T.J. / Okazaki, K. / Hidaka, H. / Chase, D.A. / Chazin, W.J.
履歴
登録2001年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcyclin
B: Calcyclin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3352
ポリマ－20,3352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 100The program Findfam was used to establish that the number of structures required to accurately represent the ensemble was less than 22 (the number selected to represent previous S100A6 ensembles). Structures were ordered by lowest restraint violations, then accepted if total molecular energy and each contributing term was within two standard deviations of the mean. The 22 structures with least restraint violations (energy penalty and magnitude of largest violation) all met these criteria.
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Calcyclin / Lung 10 kDa Protein


分子量: 10167.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: R-S100A6 / 器官: LUNG / プラスミド: PET1120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P30801

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1323D 15N-separated NOESY
1423D HACAHB
1533D 13C-filter,13C-edited NOESY
1643D 15N-separated NOESY
1752D 13C HSQC
NMR実験の詳細Text: Dimer constraints were obtained from the 3D_13C-filter,13C-edited experiment in combination with 3D_13C-separated_NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM calcyclin, 50 MM TRIS buffer, 30 mM CaCl290% H2O/10% D2O
22 mM 15N, 13C-enriched calcyclin, 50 mM TRIS-buffer, 0.05% NaN3, 30 mM CaCl290% H2O/10% D2O
31:1 15N,13C-enriched:unlabled calcyclin, 50 mM TRIS-buffer, 0.05% NaN3, 30 mM CaCl290% H2O/10% D2O
415N-enriched calcyclin, 50 mM TRIS-buffer, 0.05% NaN3, 30 mM CaCl290% H2O/10% D2O
510% 13C-enriched calcyclin, 50 mM TRIS-buffer, 0.05% NaN3, 30 mM CaCl2D2O
試料状態イオン強度: 30 mM CaCl2 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AMXBrukerAMX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97MSIデータ解析
DIANA2.8Guntert, Braun & Wuthrich構造決定
Amber4.1Pearlmann, Case, Caldwell, Ross, Cheatham III, Ferguson, Seibel, Singh, Weiner & Kollman精密化
FINDFAM1Smith, Chazin & Caseデータ解析
精密化手法: distance geometry, restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The calculations were carried out using a total of 3104 distance and 294 torsion angle constraints. Starting structures were generated as monomers (one chain) with no intersubunit constraints ...詳細: The calculations were carried out using a total of 3104 distance and 294 torsion angle constraints. Starting structures were generated as monomers (one chain) with no intersubunit constraints using distance geometry followed by restrained molecular dynamics (rMD). The dimer structures were generated by rMD docking driven by the intersubunit NOEs using two arbitrarily selected starting subunit structures. Each dimer was further refined by rMD with all constraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The program Findfam was used to establish that the number of structures required to accurately represent the ensemble was less than 22 (the number selected to ...コンフォーマー選択の基準: The program Findfam was used to establish that the number of structures required to accurately represent the ensemble was less than 22 (the number selected to represent previous S100A6 ensembles). Structures were ordered by lowest restraint violations, then accepted if total molecular energy and each contributing term was within two standard deviations of the mean. The 22 structures with least restraint violations (energy penalty and magnitude of largest violation) all met these criteria.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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