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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jvj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF N132A MUTANT OF TEM-1 BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH A N-FORMIMIDOYL-THIENAMYCINE | ||||||
![]() | BETA-LACTAMASE TEM | ||||||
![]() | HYDROLASE / protein stability / TEM-1 / beta-lactamase / beta-lactam / antibiotic resistance / imipenem | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, X. / Minasov, G. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Noncovalent interaction energies in covalent complexes: TEM-1 beta-lactamase and beta-lactams. 著者: Wang, X. / Minasov, G. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1bt5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28898.971 Da / 分子数: 1 / 断片: TEM-1 / 変異: N132A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-IM2 / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.94 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium-potassium Phospate buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→15 Å / Num. all: 23324 / Num. obs: 23324 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 2342 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 125788 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.25 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BT5 解像度: 1.73→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Crystallographic conjugate gradient minimization refinement using maximum likelihood target for amplitudes
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 15.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 10 % |