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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jub | ||||||
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タイトル | The K136E mutant of lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A | ||||||
要素 | dihydroorotate dehydrogenase A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / HOMODIMER / ALPHA-BETA BARREL / FLAVOPROTEIN / MUTANT ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function 著者: Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Active Site of Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus lactis Investigated by Chemical Modification and Mutagenesis 著者: Bjornberg, O. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: The Crystal Structure of Lactococcus lactis Dihydroorotate Dehydrogenase A Complexed with the Enzyme Reaction Product Throws Light on its Enzymatic Function 著者: Rowland, P. / Bjornberg, O. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The Crystal Structure of the Flavin Containing Enzyme Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus lactis 著者: Rowland, P. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Purification and Characterisation of Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus lactis, Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Enzyme 著者: Nielsen, F.S. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jub.cif.gz | 152.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jub.ent.gz | 117.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jub.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jub_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jub_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1jub_validation.xml.gz | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jub_validation.cif.gz | 48 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1jub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1jub | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains the biological homodimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34242.102 Da / 分子数: 2 / 変異: K136E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: PyrD / プラスミド: pUHE23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SO6645 / 参照: UniProt: P54321, UniProt: A2RJT9*PLUS, EC: 1.3.3.1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 6K, Na-acetate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 / 波長: 0.946 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月19日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(III) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.4→13 Å / Num. all: 133720 / Num. obs: 133686 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 6807 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: LACTOCOCCUS LACTIS DHODA PDB ID 1DOR 解像度: 1.4→13 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.83 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.9 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.41→1.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.007
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