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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ju0 | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR solution structure of a DNA kissing complex | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / HIV / SL1 / kissing complex / loop-loop dimer | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing matrix relaxation chemical shift back calculation | データ登録者 | Barbault, F. / Huynh-Dinh, T. / Paoletti, J. / Lancelot, G. | 引用 | ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2002 | タイトル: A new peculiar DNA structure: NMR solution structure of a DNA kissing complex. 著者: Barbault, F. / Huynh-Dinh, T. / Paoletti, J. / Lanceloti, G. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ju0.cif.gz | 423.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ju0.ent.gz | 347.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ju0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ju0_validation.pdf.gz | 321.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ju0_full_validation.pdf.gz | 528.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ju0_validation.xml.gz | 50.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ju0_validation.cif.gz | 77 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1ju0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1ju0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7091.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA reverse transcripted sequence |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing matrix relaxation chemical shift back calculation ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 16 / 登録したコンフォーマーの数: 16 |