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万見
- PDB-1jtb: LIPID TRANSFER PROTEIN COMPLEXED WITH PALMITOYL COENZYME A, NMR, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jtb
タイトルLIPID TRANSFER PROTEIN COMPLEXED WITH PALMITOYL COENZYME A, NMR, 16 STRUCTURES
要素LIPID TRANSFER PROTEIN
キーワードLIPID TRANSPORT / LIPID TRANSFER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PALMITIC ACID / Non-specific lipid-transfer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法溶液NMR
データ登録者Lerche, M.H. / Kragelund, B.B. / Bech, L.M. / Poulsen, F.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Barley lipid-transfer protein complexed with palmitoyl CoA: the structure reveals a hydrophobic binding site that can expand to fit both large and small lipid-like ligands.
著者: Lerche, M.H. / Kragelund, B.B. / Bech, L.M. / Poulsen, F.M.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Structure in Solution of a Four-Helix Lipid Binding Protein
著者: Heinemann, B. / Andersen, K.V. / Nielsen, P.R. / Bech, L.M. / Poulsen, F.M.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of the Non-Specific Lipid-Transfer Protein from Maize Seedlings
著者: Shin, D.H. / Lee, J.Y. / Hwang, K.Y. / Kim, K.K. / Suh, S.W.
履歴
登録1996年12月3日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月17日Group: Atomic model
改定 1.42011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.52024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPID TRANSFER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7293
ポリマ－9,7051
非ポリマー1,0242
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 20
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 LIPID TRANSFER PROTEIN / LTP


分子量: 9704.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 器官: SEEDS / 参照: UniProt: P07597
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 7.2 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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