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- PDB-1qwf: C-SRC SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH LIGAND VSL12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwf
タイトルC-SRC SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH LIGAND VSL12
要素
  • TYROSINE-PROTEIN KINASE TRANSFORMING PROTEIN SRC
  • VAL-SER-LEU-ALA-ARG-ARG-PRO-LEU-PRO-PRO-LEU-PRO
キーワードCOMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION/PEPTIDE) / SRC SH3 DOMAIN / CLASS I LIGAND COMPLEX / COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-PEPTIDE) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / ATP binding
類似検索 - 分子機能
SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. ...SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase transforming protein Src
類似検索 - 構成要素
生物種Avian sarcoma virus (ウイルス)
手法溶液NMR
データ登録者Feng, S. / Chiyoshi, K. / Rickles, R.J. / Schreiber, S.L.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Specific interactions outside the proline-rich core of two classes of Src homology 3 ligands.
著者: Feng, S. / Kasahara, C. / Rickles, R.J. / Schreiber, S.L.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Structural Basis for the Binding of Proline-Rich Peptides to SH3 Domains
著者: Yu, H. / Chen, J.K. / Feng, S. / Dalgarno, D.C. / Brauer, A.W. / Schreiber, S.L.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Two Binding Orientations for Peptides to the Src SH3 Domain: Development of a General Model for SH3-Ligand Interactions
著者: Feng, S. / Chen, J.K. / Yu, H. / Simon, J.A. / Schreiber, S.L.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Solution Structure of the SH3 Domain of Src and Identification of its Ligand-Binding Site
著者: Yu, H. / Rosen, M.K. / Shin, T.B. / Seidel-Dugan, C. / Brugge, J.S. / Schreiber, S.L.
履歴
登録1995年11月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE-PROTEIN KINASE TRANSFORMING PROTEIN SRC
B: VAL-SER-LEU-ALA-ARG-ARG-PRO-LEU-PRO-PRO-LEU-PRO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4222
ポリマ－8,4222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TYROSINE-PROTEIN KINASE TRANSFORMING PROTEIN SRC / P60-SRC


分子量: 7104.749 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avian sarcoma virus (ウイルス) / 属: Alpharetrovirus / 解説: GST-FUSION / 遺伝子: CHICKEN / プラスミド: PGEX-2T / 遺伝子 (発現宿主): CHICKEN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00525, EC: 2.7.1.112
#2: タンパク質・ペプチド VAL-SER-LEU-ALA-ARG-ARG-PRO-LEU-PRO-PRO-LEU-PRO / VSL12


分子量: 1317.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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