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- PDB-1jsp: NMR Structure of CBP Bromodomain in complex with p53 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jsp
タイトルNMR Structure of CBP Bromodomain in complex with p53 peptide
要素
  • CREB-BINDING PROTEIN
  • tumor protein p53
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Bromodomain / CBP / NMR structure.
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / MRF binding / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / mRNA transcription / bone marrow development / positive regulation of programmed necrotic cell death / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase regulator activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of neuroblast proliferation / protein-lysine-acetyltransferase activity / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / protein acetylation / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / homeostatic process / Notch-HLH transcription pathway / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of mitophagy / Formation of paraxial mesoderm / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / cellular response to UV-C / replicative senescence / histone acetyltransferase complex
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Zinc finger ZZ-type signature. / p53-like tetramerisation domain superfamily / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者He, Y. / Mujtaba, S. / Zeng, L. / Yan, S. / Zhou, M.-M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structural mechanism of the bromodomain of the coactivator CBP in p53 transcriptional activation.
著者: Mujtaba, S. / He, Y. / Zeng, L. / Yan, S. / Plotnikova, O. / Sachchidanand / Sanchez, R. / Zeleznik-Le, N.J. / Ronai, Z. / Zhou, M.M.
履歴
登録2001年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tumor protein p53
B: CREB-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8252
ポリマ－16,8252
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド tumor protein p53


分子量: 2406.891 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal fragment / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: P04637
#2: タンパク質 CREB-BINDING PROTEIN / CBP


分子量: 14418.547 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92793
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 15N-HSQC
4243D CBCA(CO)NH
3333D (H)CCH-TOCSY
3433D 13C-edited 13C/15N-filtered NOESY
1513D 15N-separated NOESY
2623D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM CBP bromodomain U-15N; 0.5mM P53 peptide; 100mM phosphate buffer; pH 6.590% H2O/10% D2O
20.5mM CBP bromodomain U-15N,13C; 0.5mM P53 peptide;100mM phosphate buffer; pH 6.590% H2O/10% D2O
30.5mM CBP bromodomain U-15N,13C; 0.5mM P53 peptide;100mM phosphate buffer; pH 6.599.9%D2O
40.5mM CBP bromodomain U-15N,13C,75% 2H; 0.5mM P53 peptide;100mM phosphate buffer; pH 6.590% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.5ambient 298 K
26.5ambient 298 K
36.5ambient 298 K
46.5ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Frank Delaglio解析
NMRView5.0.3Bruce Johnsonデータ解析
X-PLOR3.1Axel Brunger構造決定
ARIA0.1Michael Nilgesiterative matrix relaxation
X-PLOR3.1Axel Brunger精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 71 inter-molecular NOEs are observed between protein and peptide.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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