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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jsn | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF AVIAN H5 HAEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH LSTA RECEPTRO ANALOG | |||||||||
要素 | (HAEMAGGLUTININ ...) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / influenza / receptor complex / fusion protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ha, Y. / Stevens, D.J. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: X-ray structures of H5 avian and H9 swine influenza virus hemagglutinins bound to avian and human receptor analogs. 著者: Ha, Y. / Stevens, D.J. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jsn.cif.gz | 116.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jsn.ent.gz | 89.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jsn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jsn_validation.pdf.gz | 622.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jsn_full_validation.pdf.gz | 637.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jsn_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jsn_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/1jsn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/1jsn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36573.207 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-325 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AUTO CLEAVED FRAGMENT OF N-TERMINUS 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: A/Duck/Singapore/3/97 / 参照: UniProt: A5Z226 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20200.232 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-176 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AUTO CLEAVED FRAGMENT OF C-TERMINUS 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: A/Duck/Singapore/3/97 / 参照: UniProt: A5Z226*PLUS |
-糖 , 3種, 6分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 1種, 216分子
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: mme-peg 2000, nicl2, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月31日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 33434 / Num. obs: 27009 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→40 Å / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 30623 / % possible obs: 92.7 % / Rmerge(I) obs: 0.106 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.709 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.634 / Rfactor obs: 0.588 |