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- PDB-1jsl: Crystal structure of Erwinia chrysanthemi L-asparaginase complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jsl
タイトルCrystal structure of Erwinia chrysanthemi L-asparaginase complexed with 6-HYDROXY-D-NORLEUCINE
要素L-asparaginase
キーワードHYDROLASE / L-asparaginase / amidohydrolase / bacteria / covalent complex / suicide inhibitor / DON / enzyme / active site / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine metabolic process / asparaginase / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. ...L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXY-D-NORLEUCINE / L-asparaginase
類似検索 - 構成要素
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / 同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2001
タイトル: Do bacterial L-asparaginases utilize a catalytic triad Thr-Tyr-Glu?
著者: Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structural Basis for the Activity and Substrate Specificity of Erwinia chrysanthemi L-Asparaginase
著者: Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: A Left-Handed Crossover Involved in Amidohydrolase Catalysis. Crystal Structure of Erwinia Chrysanthemi L-Asparaginase with Bound L-Aspartate
著者: Miller, M. / Rao, J.K. / Wlodawer, A. / Gribskov, M.R.
履歴
登録2001年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase
B: L-asparaginase
C: L-asparaginase
D: L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,59512
ポリマ－140,4924
非ポリマー1,1038
水20,8791159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18550 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area37190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.150, 90.386, 127.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biologically relevant tetramer is present in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
L-asparaginase


分子量: 35123.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Erwinia chrysanthemi (バクテリア) / 属: Dickeya / 参照: UniProt: P06608, asparaginase
#2: 化合物
ChemComp-DDO / 6-HYDROXY-D-NORLEUCINE / (-)-ヘキサホモセリン


分子量: 147.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細6-DIAZO-5-OXO-D-NORLEUCINE REACTS WITH THE ENZYME TO FORM A COVALENT COMPLEX BETWEEN THE ENZYME AND ...6-DIAZO-5-OXO-D-NORLEUCINE REACTS WITH THE ENZYME TO FORM A COVALENT COMPLEX BETWEEN THE ENZYME AND THE PRODUCT, 6-HYDROXY-D-NORLEUCINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate, PEG 400, TRIS buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 詳細: Miller, M., (1993) FEBS Lett., 328, 275.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 %ammonium sulfate1reservoirpH8-9
20.1 MCHES1reservoir
32 %(w/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 132978 / Num. obs: 122183 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.91 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.54
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 7092 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 80.5
反射
*PLUS
% possible obs: 92 % / Num. measured all: 3550082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HB1

1hb1


解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1368 1.2 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.21 122183 --
obs0.2 114892 --
原子変位パラメータBiso mean: 19.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9772 0 74 1159 11005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0055
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.57
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.757
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.72 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.357 57
Rwork0.339 -
obs-3699
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 1.2 % / Rfactor obs: 0.186 / Rfactor Rfree: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.757
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.357 / Rfactor Rwork: 0.339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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