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- PDB-1jsg: CRYSTAL STRUCTURE OF P14TCL1, AN ONCOGENE PRODUCT INVOLVED IN T-C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jsg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF P14TCL1, AN ONCOGENE PRODUCT INVOLVED IN T-CELL PROLYMPHOCYTIC LEUKEMIA, REVEALS A NOVEL B-BARREL TOPOLOGY
要素ONCOGENE PRODUCT P14TCL1
キーワードPROTO-ONCOGENE / CL1 GENE / T CELL LEUKEMIA / ONCOPROTEIN / MICROSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organism development / positive regulation of mitochondrial membrane potential / protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding ...multicellular organism development / positive regulation of mitochondrial membrane potential / protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proto-oncogene - Oncogene Product P14tcl1 / TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 superfamily / TCL1/MTCP1 family / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell leukemia/lymphoma protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hoh, F. / Yang, Y.-S. / Guignard, L. / Padilla, A. / Stern, R.-H. / Lhoste, J.-M. / Van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of p14TCL1, an oncogene product involved in T-cell prolymphocytic leukemia, reveals a novel beta-barrel topology.
著者: Hoh, F. / Yang, Y.S. / Guignard, L. / Padilla, A. / Stern, M.H. / Lhoste, J.M. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録1997年12月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ONCOGENE PRODUCT P14TCL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4761
ポリマ－13,4761
非ポリマー00
水88349
1
A: ONCOGENE PRODUCT P14TCL1

A: ONCOGENE PRODUCT P14TCL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9512
ポリマ－26,9512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.897, 82.839, 117.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細P14 IS INVOLVED IN RARE FORMS OF LEUKEMIA BUT ITS CELLULAR ROLE REMAINS UNKNOWN. THERE EXISTS EVIDENCE FOR DIMER FORMATION IN SOLUTION BUT THE PROTEIN IS PRESENT AS A MONOMER IN THE ASYMMETRIC UNIT. A TIGHT DIMER CONTACT IS GENERATED BY THE TWO-FOLD CRYSTAL C-AXIS.

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要素

#1: タンパク質 ONCOGENE PRODUCT P14TCL1


分子量: 13475.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-CELL / 参照: UniProt: P56279
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 mMprotein1drop
25 mMTris-HCl1drop
325 mMsodium acetate1dropcan be replaced by Succinate

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 37 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 6870 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.8 % / Num. measured all: 60407 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.288

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 729 11 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 6644 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 0 0 50 974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d31
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 100 9.2 %
Rwork0.285 986 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg31
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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