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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jse | ||||||
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タイトル | FULL-MATRIX LEAST-SQUARES REFINEMENT OF TURKEY LYSOZYME | ||||||
![]() | LYSOZYME![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harata, K. / Abe, Y. / Muraki, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Full-matrix least-squares refinement of lysozymes and analysis of anisotropic thermal motion. 著者: Harata, K. / Abe, Y. / Muraki, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 14228.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00703, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-POL / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 4.2 詳細: 2.2M AMMONIUM SULFATE SOLUTION AT PH 4.2 CONTAINING 10% 1-PROPANOL AND 4% PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 285 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.12→22.3 Å / Num. obs: 36320 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.227 / % possible all: 53.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LZ3 ![]() 1lz3 解像度: 1.12→22.3 Å / Num. parameters: 10631 / Num. restraintsaints: 12784 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: SWAT | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→22.3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-93 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |