[日本語] English
万見
- PDB-1jrr: HUMAN PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2.[LOOP (66-98) DELETIONMUT... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jrr
タイトルHUMAN PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2.[LOOP (66-98) DELETIONMUTANT] COMPLEXED WITH PEPTIDE MIMIckING THE REACTIVE CENTER LOOP
要素(PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2) x 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / SERPIN / PEPTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cornified envelope / Dissolution of Fibrin Clot / fibrinolysis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasminogen activator inhibitor-2 / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Plasminogen activator inhibitor-2 / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Plasminogen activator inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jankova, L. / Harrop, S.J. / Saunders, D.N. / Andrews, J.L. / Bertram, K.C. / Gould, A.R. / Baker, M.S. / Curmi, P.M.G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR 2 WITH A PEPTIDE MIMICKING THE REACTIVE CENTER LOOP
著者: JANKOVA, L. / HARROP, S.J. / SAUNDERS, D.N. / ANDREWS, J.L. / BERTRAM, K.C. / GOULD, A.R. / BAKER, M.S. / CURMI, P.M.G.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: INTERACTION BETWEEN THE P14 RESIDUE AND STRAND 2 OF BETA-SHEET B IS CRITICAL FOR REACTIVE CENTER LOOP INSERTION IN PAI-2
著者: SAUNDERS, D.N. / GOULD, A.R. / RANSON, M. / JANKOVA, L. / HARROP, S.J. / G CURMI, P.M. / BAKER, M.S.
履歴
登録2001年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2
P: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4293
ポリマ－44,3502
非ポリマー781
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.139, 104.160, 41.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2


分子量: 43045.020 Da / 分子数: 1 / 変異: RESIDUES 66 - 98 EXCISED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05120
#2: タンパク質・ペプチド PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-2


分子量: 1305.439 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 367-380 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: P05120
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
25 mMHEPES1drop
3100 mM1dropNaCl
413 %PEG80001reservoir
50.1 Mmagnesium acetate1reservoir
60.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→69.01 Å / Num. all: 313356 / Num. obs: 49516 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 74.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 313356 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 74.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→69.01 Å / SU B: 2.5 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22529 1596 3.1 %RANDOM
Rwork0.19725 ---
all0.19531 51189 --
obs0.19815 49516 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.156 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→69.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 0 442 3419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9111.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.7062
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.5713
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.0944.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル最高解像度: 1.6 Å / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.224 / Total num. of bins used: 20
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る