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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jrb | ||||||
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タイトル | The P56A mutant of Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A | ||||||
要素 | dihydroorotate dehydrogenase A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Homodimer / alpha-beta barrel / flavoprotein / orotate complex / mutant enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function 著者: Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Active site of dihydroorotate dehydrogenase A from Lactococcus lactis investigated by chemical modification and mutagenesis 著者: Bjornberg, O. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: The crystal structure of Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A complexed with the enzyme reaction product throws light on its enzymatic function 著者: Rowland, P. / Bjornberg, O. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: The crystal structure of the flavin containing enzyme dihydroorotate dehydrogenase A from Lactococcus lactis 著者: Rowland, P. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Purification and characterisation of dihydroorotate dehydrogenase A from Lactococcus lactis, crystallisation and preliminary X-ray diffraction studies of the enzyme 著者: Nielsen, F.S. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jrb.cif.gz | 142.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jrb.ent.gz | 110.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jrb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/1jrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/1jrb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The assymetric unit contains the biological homodimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34216.133 Da / 分子数: 2 / 変異: P56A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / プラスミド: pUHE23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SO6645 / 参照: UniProt: P54321, UniProt: A2RJT9*PLUS, EC: 1.3.3.1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 6K, Na-acetate, TRIS-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.992 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→20 Å / Num. all: 452819 / Num. obs: 57637 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 29.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 2390 / % possible all: 82.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Lactococcus lactis DHODA, PDB ID 2DOR 解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh&Huber 詳細: Data obtained after the termination of this structure has enabled us to identifie to MG-ions in the lactococcus lactis DHODA. These are also present in the P56A mutant but have been refined ...詳細: Data obtained after the termination of this structure has enabled us to identifie to MG-ions in the lactococcus lactis DHODA. These are also present in the P56A mutant but have been refined as water molecules 11 and 23. The close contacts with water molecules are due to disorderd residues refined with low occupation.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAIND | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.934→2.025 Å /
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