[日本語] English
万見
- PDB-1jr2: Structure of Uroporphyrinogen III Synthase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jr2
タイトルStructure of Uroporphyrinogen III Synthase
要素UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE
キーワードLYASE / Heme biosynthesis / heam biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III synthase activity / uroporphyrinogen III biosynthetic process / response to platinum ion / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / heme B biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / cellular response to arsenic-containing substance / Heme biosynthesis ...uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III synthase activity / uroporphyrinogen III biosynthetic process / response to platinum ion / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / heme B biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / cellular response to arsenic-containing substance / Heme biosynthesis / folic acid binding / heme biosynthetic process / cellular response to amine stimulus / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10090 / Tetrapyrrole biosynthesis, uroporphyrinogen III synthase / Tetrapyrrole biosynthesis, uroporphyrinogen III synthase superfamily / Uroporphyrinogen-III synthase / Uroporphyrinogen-III synthase HemD / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uroporphyrinogen-III synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Mathews, M.A. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G. / Alexander, K.J. / Schadick, K. / Bergonia, H.A. / Phillips, J.D. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of human uroporphyrinogen III synthase.
著者: Mathews, M.A. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G. / Alexander, K.J. / Schadick, K. / Bergonia, H.A. / Phillips, J.D. / Hill, C.P.
履歴
登録2001年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE
B: UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3792
ポリマ－62,3792
非ポリマー00
水10,251569
1
A: UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1891
ポリマ－31,1891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1891
ポリマ－31,1891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.852, 59.251, 61.944
Angle α, β, γ (deg.)80.47, 73.32, 88.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE / Uro'gen III synthase / UROS / UROPORPHYRINOGEN-III COSYNTHETASE / HYDROXYMETHYLBILANE HYDROLYASE ...Uro'gen III synthase / UROS / UROPORPHYRINOGEN-III COSYNTHETASE / HYDROXYMETHYLBILANE HYDROLYASE [CYCLIZING] / UROIIIS


分子量: 31189.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UROS / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon+ / 参照: UniProt: P10746, uroporphyrinogen-III synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
220 %MPD1reservoir
3100 mMMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月1日
放射モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→100 Å / Num. all: 46295 / Num. obs: 43540 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1767 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 76
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 201469 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.8 % / Rmerge(I) obs: 0.327

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.84→58.72 Å / SU B: 10.616 / SU ML: 0.167 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.745 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25099 2214 5.1 %RANDOM
Rwork0.20041 ---
obs0.2031 41290 93.27 %-
all-41290 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å22.06 Å2-0.58 Å2
2---0.01 Å2-0.82 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→58.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3968 0 0 569 4537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.0131.444
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.7232.383
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.372
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.217
LS精密化 シェル解像度: 1.838→1.886 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 122
Rwork0.245 2296
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る