PDB-1jqy: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0010

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jqy

タイトル

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0010

要素

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

キーワード

TOXIN / ENTEROTOXIN / RECEPTOR / LIGAND / B-PENTAMER

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Anchor-based design of improved cholera toxin and E. coli heat-labile enterotoxin receptor binding antagonists that display multiple binding modes.
著者: Pickens, J.C. / Merritt, E.A. / Ahn, M. / Verlinde, C.L. / Hol, W.G. / Fan, E.

履歴

登録	2001年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jqy.cif.gz	344.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jqy.ent.gz	290.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jqy_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jqy_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	1jqy_validation.xml.gz	88.2 KB	表示
CIF形式データ	1jqy_validation.cif.gz	113.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jr0C 1fd7 1lt6 1lta 1lts C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rcv-d 1eef-1 1djr-d 2xrs-1 1eef-2 5lzj-d 1lt6-1 1pzi-d 1rd9-d 1llr-d 1rf2-d 1efi-d 1chq-d 2xrs-2 1fgb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

V: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

W: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

X: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

Y: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

Z: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

184 kDa, 15 ポリマー
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1

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 5 ポリマー
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2

L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 5 ポリマー
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3

V: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

W: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

X: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

Y: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

Z: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.990, 166.006, 74.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN 分子量: 11807.539 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ETXB / プラスミド: PROFIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890
#2: 化合物	ChemComp-A32 / (3-NITRO-5-(3-MORPHOLIN-4-YL-PROPYLAMINOCARBONYL)PHENYL)-GALACTOPYRANOSIDE / BMSC-0010 分子量: 471.458 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₃O₁₀
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1082 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.68 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3000, NaCl, Tris HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶化

*PLUS

pH: 7.4

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	2.0 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.4
3	200 mM		1	drop		NaCl
4	3 mM		1	drop		NaN3
5	1 mM	EDTA	1	drop
6	50 mM		1	reservoir		NaCl
7	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH6.5
8	30 %	PEG3000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→82 Å / Num. all: 84223 / Num. obs: 84223 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 7200 / % possible all: 83.3
反射	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 97 % / R_merge(I) obs*: 0.05
反射シェル	PLUS % possible obs*: 83 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
TRUNCATE		データ削減
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
d*TREK		データ削減
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング

精密化

解像度: 2.14→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / SU B: 8.061 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	4235	5.031 %
R_work	0.211	-	-
all	-	84172	-
obs	-	84172	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12360	0	462	1082	13904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.015	0.02	13030
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.042	0.04	17592
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.045	0.05	3930
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.012	0.02	10603
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.141	0.15	1995
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.202	0.3	4899
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.254	0.3	7662
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd	0.187	0.3	572
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.304	0.3	85
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	4.357	7	1590
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	18.01	15	2580
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	14.79	20	120
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	2.58	2	7390
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	3.874	3	8817
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	2.902	2	5640
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	4.14	3	8775

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.14-2.2425	0.313	485	0.235	9896	11333
2.243-2.3554	0.31	493	0.222	9442	10230
2.355-2.4802	0.324	482	0.215	8573	9338
2.48-2.619	0.312	412	0.206	7694	8350
2.619-2.7742	0.289	358	0.199	6953	7488
2.774-2.949	0.291	334	0.197	6185	6633
2.949-3.1472	0.295	296	0.199	5474	5854
3.147-3.3741	0.271	266	0.2	4841	5153
3.374-3.6362	0.271	238	0.197	4176	4431
3.636-3.9425	0.236	202	0.196	3587	3798
3.943-4.3051	0.244	155	0.196	3054	3219
4.305-4.7412	0.238	116	0.189	2570	2687
4.741-5.2756	0.275	101	0.193	2088	2190
5.276-5.9458	0.323	79	0.227	1691	1770
5.946-6.8109	0.348	76	0.27	1281	1357
6.811-7.9708	0.274	48	0.276	972	1021
7.971-9.6068	0.28	39	0.299	681	733
9.607-12.0877	0.266	32	0.298	431	485
12.088-16.2961	0.303	15	0.32	273	300
16.296-25	0.287	8	0.412	75	145

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.14 Å / 最低解像度: 25 Å / R_factor obs: 0.2096 / R_factor R_free: 0.2879 / R_factor R_work: 0.2096

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.045

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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