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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jqw | ||||||
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タイトル | THE 2.3 ANGSTROM RESOLUTION STRUCTURE OF BACILLUS SUBTILIS LUXS/HOMOCYSTEINE COMPLEX | ||||||
![]() | Autoinducer-2 production protein luxS | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / AUTOINDUCER SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() S-ribosylhomocysteine lyase / S-ribosylhomocysteine lyase activity / quorum sensing / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruzheinikov, S.N. / Das, S.K. / Sedelnikova, S.E. / Hartley, A. / Foster, S.J. / Horsburgh, M.J. / Cox, A.G. / McCleod, C.W. / Mekhalfia, A. / Blackburn, G.M. ...Ruzheinikov, S.N. / Das, S.K. / Sedelnikova, S.E. / Hartley, A. / Foster, S.J. / Horsburgh, M.J. / Cox, A.G. / McCleod, C.W. / Mekhalfia, A. / Blackburn, G.M. / Rice, D.W. / Baker, P.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.2 A structure of a novel quorum-sensing protein, Bacillus subtilis LuxS 著者: Ruzheinikov, S.N. / Das, S.K. / Sedelnikova, S.E. / Hartley, A. / Foster, S.J. / Horsburgh, M.J. / Cox, A.G. / McCleod, C.W. / Mekhalfia, A. / Blackburn, G.M. / Rice, D.W. / Baker, P.J. #1: ![]() タイトル: PURIFICATION, CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF BACILLUS SUBTILIS LUXS 著者: Das, S.K. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Ruzheinikov, S.N. / Foster, S.J. / Hartley, A. / Horsburgh, M.J. / Rice, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 392.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 394.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the matrix: BIOMT1 2 0.500000 0.866025 0.000000 -31.39000 BIOMT2 2 0.866025 -0.500000 0.000000 54.36907 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 -24.93000 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17790.219 Da / 分子数: 1 / 変異: P96T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.8 - 2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS-HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 7264 / Num. obs: 7264 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.36 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique all: 494 / % possible all: 94.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 38530 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.5 % / Num. unique obs: 185 / Rmerge(I) obs: 0.501 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1J98 解像度: 2.3→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.175 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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