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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jqv | ||||||
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タイトル | The K213E mutant of Lactococcus lactis Dihydroorotate dehydrogenase A | ||||||
![]() | Dihydroorotate dehydrogenase A | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Homodimer / alpha-beta barrel / flavoprotein / orotate complex / mutant enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function 著者: Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #1: ![]() タイトル: Active site of dihydroorotate dehydrogenase A from Lactococcus lactis investigated by chemical modification and mutagenesis 著者: Bjornberg, O. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F. #2: ![]() タイトル: The crystal structure of Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A complexed with the enzyme reaction product throws light on its enzymatic function 著者: Rowland, P. / Bjornberg, O. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #3: ![]() タイトル: The crystal structure of the flavin containing enzyme dihydroorotate dehydrogenase A from Lactococcus lactis 著者: Rowland, P. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #4: ![]() タイトル: Purification and characterisation of dihydroorotate dehydrogenase A from Lactococcus lactis, crystallisation and preliminary X-ray diffraction studies of the enzyme 著者: Nielsen, F.S. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains the biological homodimer. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34242.102 Da / 分子数: 2 / 変異: K213E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 496分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACY / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 6K, Na-acetate, TRIS-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 42492 / Num. obs: 42492 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2162 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Lactococcus lactis DHODA PDB ID 2DOR 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.1361 Å2 / ksol: 0.372823 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.11
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