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- PDB-1jqn: Crystal structure of E.coli phosphoenolpyruvate carboxylase in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jqn
タイトルCrystal structure of E.coli phosphoenolpyruvate carboxylase in complex with Mn2+ and DCDP
要素phosphoenolpyruvate carboxylase
キーワードLYASE / BETA BARREL / Mn2+ and DCDP COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / carbon fixation / oxaloacetate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / gluconeogenesis / protein homotetramerization / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / 3,3-DICHLORO-2-PHOSPHONOMETHYL-ACRYLIC ACID / : / Phosphoenolpyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Matsumura, H. / Kai, Y.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of C4 form maize and quaternary complex of E. coli phosphoenolpyruvate carboxylases.
著者: Matsumura, H. / Xie, Y. / Shirakata, S. / Inoue, T. / Yoshinaga, T. / Ueno, Y. / Izui, K. / Kai, Y.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Plausible phosphoenolpyruvate binding site revealed by 2.6 A structure of Mn2+-bound phosphoenolpyruvate carboxylase from Escherichia coli.
著者: Matsumura, H. / Terada, M. / Shirakata, S. / Inoue, T. / Yoshinaga, T. / Izui, K. / Kai, Y.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional structure of phosphoenolpyruvate carboxylase: a proposed mechanism for allosteric inhibition
著者: Kai, Y. / Matsumura, H. / Inoue, T. / Terada, K. / Nagara, Y. / Yoshinaga, T. / Kihara, A. / Tsumura, K. / Izui, K.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary x-ray diffraction studies of C4-form phosphoenolpyruvate carboxylase from maize diffraction studies of C4-form phosphoenolpyruvate carboxylase from maize.
著者: Matsumura, H. / Nagata, T. / Terada, M. / Shirakata, S. / Inoue, T. / Yoshinaga, T. / Ueno, Y. / Saze, H. / Izui, K. / Kai, Y.
履歴
登録2001年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] ..._pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5984
ポリマ－99,1751
非ポリマー4233
水3,495194
1
A: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子

A: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子

A: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子

A: phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,39416
ポリマ－396,7024
非ポリマー1,69212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.950, 249.060, 83.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a tetramer generated from monomer in the assymmetric unit by D2 symmetry.

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要素

#1: タンパク質 phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCASE / PEPC


分子量: 99175.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): F15 / 参照: UniProt: P00864, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#4: 化合物 ChemComp-DCO / 3,3-DICHLORO-2-PHOSPHONOMETHYL-ACRYLIC ACID / 3,3-ジクロロ-2-(ジヒドロキシホスフィノイルメチル)-プロペン酸


分子量: 234.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5Cl2O5P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG300, Tris-HCl, MnCl2, DCDP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
19 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.4
31 mMdithiothreitol1drop
410 mMaspartate1drop
550 mMTris-HCl1reservoirpH7.4
60.6 mMdithiothreitol1reservoir
710 mMaspartate1reservoir
80.6 Msucrose1reservoir
945 mM1reservoirMnSO4
1010 mMDCDP1reservoir
1115 %(w/v)PEG3001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年11月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→39.5 Å / Num. all: 233027 / Num. obs: 45789 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): 11.3 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / % possible all: 61.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 233027

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→39.5 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2292 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all-45753 --
obs-45753 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6881 0 22 194 7097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.021
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 300 -
Rwork0.357 --
obs-5343 66.8 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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