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- PDB-1jpw: Crystal Structure of a Human Tcf-4 / beta-Catenin Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpw
タイトルCrystal Structure of a Human Tcf-4 / beta-Catenin Complex
要素
  • BETA-CATENIN
  • transcription factor 7-like 2
キーワードCELL ADHESION / beta-catenin / tcf / tcf4 / colon cancer / armadillo repeat / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


catenin-TCF7L2 complex / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / regulation of hormone metabolic process / Signaling by TCF7L2 mutants / Repression of WNT target genes / armadillo repeat domain binding / myoblast fate commitment / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis ...catenin-TCF7L2 complex / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / regulation of hormone metabolic process / Signaling by TCF7L2 mutants / Repression of WNT target genes / armadillo repeat domain binding / myoblast fate commitment / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / maintenance of DNA repeat elements / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / lens morphogenesis in camera-type eye / Scrib-APC-beta-catenin complex / regulation of fibroblast proliferation / beta-catenin-TCF complex / gamma-catenin binding / acinar cell differentiation / synaptic vesicle clustering / dorsal root ganglion development / endodermal cell fate commitment / neuron fate determination / proximal/distal pattern formation / Formation of the nephric duct / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / sympathetic ganglion development / dorsal/ventral axis specification / layer formation in cerebral cortex / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of endothelial cell differentiation / fungiform papilla formation / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / detection of muscle stretch / cellular response to indole-3-methanol / positive regulation of odontoblast differentiation / smooth muscle cell differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of myoblast proliferation / alpha-catenin binding / histone methyltransferase binding / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cranial skeletal system development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / male genitalia development / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Formation of definitive endoderm / regulation of smooth muscle cell proliferation / catenin complex / embryonic brain development / beta-catenin destruction complex / lung-associated mesenchyme development
類似検索 - 分子機能
c-clamp / CTNNB1 binding, N-teminal / N-terminal CTNNB1 binding / Transcription factor TCF/LEF / Beta-catenin / Catenin binding domain superfamily / HMG (high mobility group) box / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. ...c-clamp / CTNNB1 binding, N-teminal / N-terminal CTNNB1 binding / Transcription factor TCF/LEF / Beta-catenin / Catenin binding domain superfamily / HMG (high mobility group) box / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Catenin beta-1 / Transcription factor 7-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Poy, F. / Lepourcelet, M. / Shivdasani, R.A. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of a human Tcf4-beta-catenin complex.
著者: Poy, F. / Lepourcelet, M. / Shivdasani, R.A. / Eck, M.J.
履歴
登録2001年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CATENIN
D: transcription factor 7-like 2
B: BETA-CATENIN
E: transcription factor 7-like 2
C: BETA-CATENIN
F: transcription factor 7-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,5126
ポリマ－192,5126
非ポリマー00
水15,277848
1
A: BETA-CATENIN
D: transcription factor 7-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1712
ポリマ－64,1712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
2
B: BETA-CATENIN
E: transcription factor 7-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1712
ポリマ－64,1712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA
3
C: BETA-CATENIN
F: transcription factor 7-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1712
ポリマ－64,1712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)376.530, 92.650, 49.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-882-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BETA-CATENIN


分子量: 58990.262 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質・ペプチド transcription factor 7-like 2 / Tcf4


分子量: 5180.256 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NQB0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 400, MES, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMHEPES1droppH7.5
2200 mM1dropNaCl
35 mMdithiothreitol1drop
47.5 mg/mlprotein1drop
514 %(w/v)PEG40001reservoir
6100 mMMES1reservoirpH5.5
7100 mMammonium sulfate1reservoir
810 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 165 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月10日 / 詳細: osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.123

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BCT

2bct


解像度: 2.5→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3898 2249 -random
Rwork0.3045 ---
all0.3045 58414 --
obs0.3045 44044 86 %-
溶媒の処理Bsol: 82.2046 Å2 / ksol: 0.325126 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.684 Å20 Å20.328 Å2
2--4.105 Å20 Å2
3---0.579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11919 0 0 848 12767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007573
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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