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万見
- PDB-1jpt: Crystal Structure of Fab D3H44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpt
タイトルCrystal Structure of Fab D3H44
要素
  • immunoglobulin Fab D3H44, heavy chain
  • immunoglobulin Fab D3h44, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-antibody recognition / humanized antibody / blood coagulation
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Faelber, K. / Kirchhofer, D. / Presta, L. / Kelley, R.F. / Muller, Y.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The 1.85 A resolution crystal structures of tissue factor in complex with humanized Fab D3h44 and of free humanized Fab D3h44: revisiting the solvation of antigen combining sites.
著者: Faelber, K. / Kirchhofer, D. / Presta, L. / Kelley, R.F. / Muller, Y.A.
#1: ジャーナル: THROMB.HAEMOST. / 年: 2001
タイトル: Generation of a humanized, high affinity anti-tissue factor antibody for use as a novel antithrombotic therapeutic
著者: Presta, L. / Sims, P. / Meng, Y.G. / Moran, P. / Bullens, S. / Bunting, S. / Schoenfeld, J. / Lowe, D. / Lai, J. / Rancatore, P. / Iverson, M. / Lim, A. / Chisholm, V. / Kelley, R.F. / ...著者: Presta, L. / Sims, P. / Meng, Y.G. / Moran, P. / Bullens, S. / Bunting, S. / Schoenfeld, J. / Lowe, D. / Lai, J. / Rancatore, P. / Iverson, M. / Lim, A. / Chisholm, V. / Kelley, R.F. / Riederer, M. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2001年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: immunoglobulin Fab D3h44, light chain
H: immunoglobulin Fab D3H44, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5672
ポリマ－47,5672
非ポリマー00
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.12, 78.20, 58.92
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin Fab D3h44, light chain


分子量: 23523.107 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEMX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 immunoglobulin Fab D3H44, heavy chain


分子量: 24043.805 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEMX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulphate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
350 mM1dropNaCl
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: diamond + germanium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 36063 / Num. obs: 36063 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2779 / Rsym value: 0.416 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 124061 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.6 % / Rmerge(I) obs: 0.416

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: complex D3h44 - TF

解像度: 1.85→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2556 7.095 %random
Rwork0.182 ---
all-36025 --
obs-36025 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.901 Å20 Å22.906 Å2
2--1.535 Å20 Å2
3---1.366 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3241 0 0 372 3613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.83
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 421 -
Rwork0.242 --
obs-5980 98.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 33469 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 2550 / Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.5 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.79
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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